在处理复杂环境问题时,选择将经济与法律、行政等方法结合起来的综合性手段是各国的普遍做法,我国也是如此。作为这种综合性手段,排污收费制度是我国在环境管理领域建立最早的制度,在我国实施30多年以来,在污染防治、节能减排以及环境监管方面都发挥了重大作用,在很大程度上减缓了环境恶化的速度,但随着环境问题日益复杂,排污收费制度在运行过程中也暴露出许多问题,亟待完善。本文通过对我国现行排污收费制度的发展历程、法律体系以及实施状况的研究,揭示出了排污收费制度存在的以下几方面问题,(1)立法理念方面,在排污收费制度中没有注重诱导机制的应用,选择排污收费发展模式时缺少前瞻性;(2)法律体系存在缺陷,表现在《环境保护法》滞后,与其他单行环境法律法规存在冲突等方面;(3)排污收费制度在运行中暴露出收费标准偏低、排污费不能足额收取及使用不规范等问题。在上述研究的基础上,提出了完善我国排污收费制度的以下几方面措施和建议:(1)树立正确的立法观念,具体从加强排污收费诱导机制的运用及积极探索“费改税”着手;(2)进一步健全我国排污收费制度的法律体系建设,例如与时俱进的修订《环境保护法》等;(3)从制定科学合理的排污收费标准等方面解决排污收费制度在具体运行中的缺陷。以期能对我国排污收费制度的现实运行和制度本身有所裨益。