近年来,行政事业单位违规事件时有发生,2012年11月29日财务部印发《行政事业单位内部控制规范（试行）》进一步加强行政事业单位内部控制。随着单位业务处理信息化、管理运行流程化,原有的内部控制制度、控制流程、控制手段都面临着挑战,数字经济环境下单位如何适应信息化数字化管理转型需求,识别信息化下内部控制存在的风险,并通过信息化手段不断提高行政事业单位内部控制水平以及评价行政事业单位内部控制建设情况显得非常重要。H科学院是中国科学院H省分院,是全国规模较大、综合实力较强的省级科学院之一。本文以H科学院作为研究对象,运用了实地调研与案例分析的方法,分析评价了H科学院内部控制信息化实施效果,得出了以下结论:（1）内部控制的信息化使得H科学院管理水平的到提升。内部控制信息化的评价结果证实内部控制信息化的建设的确在一定程度上提升了科研经费使用效率与效益、大型设备等资产的利用率,加强业务与绩效管理的结合,避免腐败等违规事件的发生和政府投入资金的低效率;H科学院管理水平的提高不仅为科研工作者提供了极大的方便,也极大的提升了内部工作人员的工作效率。（2）内部控制信息化使得H科学院内部控制制度得到完善。在内部控制信息化过程中,H科学院从第三方视角重新认识了其内部控制制度,认识到内部控制制度的问题所在;而后通过重新梳理经济业务流程,编制经济业务流程图等方式对内部控制制度进行不断完善;其改善结果就表现在内部控制信息化前后的评分结果上。（3）通过内部控制信息化H科学院内部控制建设工作更受重视也更有规划。通过这次内部控制信息化改革,内部控制信息系统覆盖范围由以前主要的财务控制部分扩大到所有经济业务,与之前相对比,信息系统与业务流程、业务权限等结合更加紧密;并且在这次内部控制信息化改革后,其未来的内部控制建设工作方向更加明晰,即继续深化信息化改革,进一步提高管理水平。在文章最后,本文分析了H科学院此次内部控制信息化中存在的问题,即缺乏统一的信息化平台、对内部控制信息化的宣传不足与信息化人才相对缺乏,并以此为基础,提出了具有针对性的建议。