分泌蛋白在维持细胞间通讯、调控细胞增殖、代谢和免疫应答等许多生物进程中扮演着重要角色,并且在监测人类健康状况方面起着重要作用。虽然先前的研究进行了一些大规模人类分泌蛋白的预测,但之前研究的可信度及各研究结果之间的重合度都很低,很大程度上阻碍了分泌蛋白的后续解析。近年来,在基因组学和蛋白质组学的飞速发展过程中鉴定到了大量的新蛋白,其中就有可能含有新的分泌蛋白。而且,随着计算方法的不断改进以及先验知识库的不断完善,用于预测和分析分泌蛋白的工具也越来越准确。因此,非常有必要整合多组学数据系统地鉴定高可信度的人类分泌蛋白,并详细探究人类分泌蛋白的特性。本文中我们首先整合UniProt、Ensembl、AceView和RefSeq等数据库得到330,427个人类蛋白,然后通过一系列的计算分析鉴定到6,943个高可信的人类分泌蛋白。其中有3,522个新的分泌蛋白不存在于其他分泌蛋白数据库中。通过分析大批量蛋白质谱和RNA-seq数据和整合分析多个数据库,我们发现6,943个分泌蛋白中有6,267个(90.3%)存在蛋白质水平或者转录本水平的证据支持。这些分泌蛋白在各种人类组织中广泛表达,并且其中相当一部分呈现出了组织特异性表达。有趣的是,1,692个分泌蛋白在包括血液、尿液和脑脊髓液等人类体液中可以被鉴定到。而且89.21%的分泌蛋白存在已知的蛋白结构功能域。最后,我们构建了一个用户友好的数据库 SPRomeDB(http://www.megabionet.org:8080/SPRomeDB/)来展示人类分泌蛋白的各种信息。总的来说,我们对于人类分泌蛋白质组的大规模鉴定和系统解析不仅可以促进人们对人类分泌蛋白的认识而且可为人类分泌蛋白的研究提供宝贵资源。