盐胁迫严重影响菊花的生长与生产,因此挖掘响应盐胁迫关键基因显得尤为重要。本研究试验材料选用菊花‘神马’（Chrysanthemum moliflium‘Jinba’）,选定合适的处理时间和浓度后,对正常培养和盐胁迫下的菊花根系进行转录组测序,筛选重要通路及相关差异表达基因,利用qRT-PCR验证候选基因的表达,同时,测定盐胁迫前后菊花根系的离子含量,渗透调节物质含量,抗氧化酶活性等生理指标的变化。主要研究结论如下:1、分别用100、200、300 mM NaCl处理0、3、6、12、24、36、48 h后,测定菊花叶片电导率、丙二醛含量、叶绿素含量和根系活力的变化。结果表明,在100 mM盐处理下,各项指标的变化与对照组相差不大;在300 mM盐处理下,各项指标均表现显著上升或下降的趋势;而在200 mM盐处理下,尤其处理24 h变化显著,我们推测菊花利用体内的调节机制适应胁迫环境,由此确定了24 h和200 mM为转录组测序的合适值。2、利用Illumina Hiseq测序平台对菊花根系进行转录组测序,创建了6个cDNA文库（CK1、CK2、CK3、SS1、SS2、SS3）。共获得大约68.30 Gb有效序列,经从头组装得到70,764个unigenes,并与公共数据库TrEMBL、NR、Pfam、KOG、GO和KEGG比对得到基因注释,几乎涵盖了所有的功能和代谢通路。以|log2（fold change）|>1且P值≤0.05为筛选标准,鉴定出2117个差异表达基因,包括1347个上调基因和770个下调基因,有大量差异表达基因富集到调控细胞内各种生理生化过程中,为研究菊花根系的耐盐调控机制提供了丰富的数据。3、根据基因功能注释、富集结果以及前人研究,筛选了与信号转导、植物激素、离子转运、渗透调节、抗氧化调节、重要功能蛋白相关的差异表达基因,以及转录因子,并从中选取20个差异倍数较大的基因作为候选基因,利用qRT-PCR测定其在盐胁迫后0、3、6、12、24、36、48 h的表达模式。不同DEGs的表达模式有差异,暗示这些基因可能通过不同的调控途径参与菊花根系胁迫响应,也验证了测序结果的可靠性。4、离子含量测定表明:Ca²⁺含量呈现先升高后下降的趋势;胁迫初期Na⁺外流含量降低,K⁺内流显著增大,含量升高,而随着胁迫时间的增长两者又受到抑制。5、渗透调节物质含量测定表明:盐胁迫下菊花根系各渗透调节物质积累进程不同,脯氨酸含量呈现先升高后下降的趋势,可溶性糖含量始终处于增加状态,积累较多。6、抗氧化物酶活性测定表明:POD活性呈现先升高后下降的趋势;SOD活性始终受到抑制;CAT活性在初期受到抑制,而后又被激活。综上所述,本研究基于转录组测序筛选菊花根系响应盐胁迫的耐盐基因,并鉴定候选基因,比较其表达模式差异,将基因表达与生理数据结合起来,阐述菊花耐盐机理。