近20年以来,我国的房地产开发市场蓬勃发展,房地产的价格在一轮又一轮的政策调控中持续攀升。房地产业同时又是一个公共属性较强的行业,密切关系到社会民生,民众和舆论对于房价的关注度也很高。党中央在十九大报告中明确提出“房住不炒”原则,政府有必要对房地产业正确行使干预和调控职能。土地增值税从1994年正式开征,从理论上来讲,开征土地增值税的初衷是调节土地增值收益,维持稳定的房地产市场秩序。土地增值税清算是税务机关在土地增值税税收征管流程中的最后环节,对于发挥税收杠杆调控作用,防范税收执法风险意义重大。从重庆市的情况看来,现已积压了大量的土地增值税待清算项目,并没有对清算程序进行具体规范,纳税人报送的清算资料真实性不高,征纳双方都存在较大的风险。全面“营改增”完成之后,土地增值税将成为地方税收的重要税源,即便在不远的将来国地税正式合并之后,土地增值税清算仍将成为税收征管工作亟待破解的一大难题。本文从税务机关角度,运用税收风险管理理论和方法,梳理了土地增值税征管的主要风险点,构建了土地增值税清算风险识别指标,并以重庆市Z房地产企业的C开发项目为例,重点阐述了基于税收风险管理流程的土地增值税清算审核过程,包括涉税信息数据采集与应用、税收风险识别、风险等级评价与排序、应对与控制策略。在清算审核中,坚持风险导向,综合运用风险识别指标和案头审核两种方式,有效识别出纳税人存在的具体税收风险点,根据对税收的流失程度,将风险点划分高、中、低三种风险等级,分别采取了相应的风险管理应对措施。对销售价格明显偏低的进行了调增,对虚增成本扣除的项目进行相应调减,从而有效地避免了税收执法风险,规范了土地增值税清算审核流程,提高了土地增值税清算效率,具有较强的实践意义。通过案例研究,本文提出了从落实税收法定主义原则制定《土地增值税法》、完善土地增值税清算的事前事中过程管理、基于风险导向开发土地増值税管理系统、建立标准化的土地增值税清算工作流程、提升土地增值税管理人员的业务素质五个方面加强土地增值税清算管理的建议措施,对于重庆市乃至全国的土地增值税管理具有积极的借鉴意义。