中国股权高度集中,普遍存在终极控制人,大多数终极控制人持有的控制权与现金流量权有不同程度的分离,终极控制人主要是国家持股和家族持股,这两种类型的终极控制人主要通过金字塔结构达到对上市公司的控制,且都存在总经理或总裁由终极控制人派出的现象,这构成了中国特有的终极所有权结构。终极控制人通过这些所有权结构的安排,会对其所控制的公司的资本结构选择产生不同的影响,从而可能加深或缓解其与中小股东之间的代理冲突,本文的研究目的是从上述四个方面分别研究其对资本结构选择的影响,以此来探讨终极控制人与小股东之间的代理冲突。具体而言,以中国1377家上市公司2009年相关数据为样本,利用OLS方法进行实证研究,结果表明：(一)现金流量权与控制权分离越大,公司债务水平越高,尤其是会选择进行更多的商业信用融资。(二)金字塔结构越复杂,公司财务杠杆越大；而且,相对国家持股公司而言,家族持股公司金字塔层级对资本结构的影响更明显。(三)终极控制人属于国有企业时,对企业资本结构决策有显著的正面影响,而家族等非国有企业对资本结构决策虽然有正面影响,但没有显著影响。(四)与以往文献不同,本文研究新发现,如果总经理由终极控制人派出,则公司资产负债率较小,尤其是家族持股公司更是如此,但国家持股公司派出经理对债务水平有正的影响,但影响不明显。研究终极所有权结构对资本结构选择的影响具有理论和实践意义。目前,已有的国内文献大多数是从现金流量权和控制权分离的角度研究终极控制人对资本结构选择的影响,而没有全面深层次的研究终极所有权结构对资本结构选择的影响,而本论文从终极控制人性质,两权分离度,金字塔结构以及派出经理这四个方面全面揭示终极所有权结构对资本结构选择的影响,深刻了解终极控制股东和外部投资者(小股东和债权人)之间的代理冲突,并为健全和完善我国的公司治理机制提供几点政策性建议。