主体功能区生态补偿是近年来兴起的一种生态补偿新方法，对于相关实践有着很强的指导意义。环首都地区在环境问题日益突出、城市承载力趋近极限、区域间发展极不平衡的背景下，通过主体功能区的规划建立跨行政区域的生态补偿机制是现实的紧迫要求，对区域经济发展有着重要的意义。文章以外部性理论和新制度经济学的产权理论等经济学理论为依据，从环首都绿色经济圈的由来与现状出发，创新性地运用量化评价的指标体系对主体功能区进行以县域为单位的规划，将环首都绿色经济圈内的14个县（市、区）划定为5个优化开发区、4个重点开发区、5个限制开发区，明确多个禁止开发区域，并通过“感性试剂”的方法对该划分方案进行了验证。在划定该区域各类主体功能区域范围的基础上，文章针对各区域的核心功能进行了支撑产业的规划和设计，深入探讨了区际生态补偿的框架，并提出独立性和公允性、统筹性、反映民情等补偿原则，针对区际生态补偿提出纵向补偿、横向补偿和部门补偿三个维度的具体措施，从贫困地区补偿机制、生态功能区补偿机制、流域补偿机制、要素补偿机制四项内容探讨跨区域生态补偿机制的共建。积极进行制度创新，形成发展绿色经济的长效机制，实现区域间经济收益、生态环境收益和社会综合收益协同的良性发展。在理论和实践两方面对该区域进行主体功能区规划和跨行政区域生态补偿机制设计进行了探讨，以期为我国主体功能区划分和不同行政区域之间的生态补偿在学术研究和实际操作的层面能够提供参考。