医药制造业作为涉及国民健康、国家安全和社会经济发展的重要产业,是各国重点发展的战略产业之一。随着我国医药制造业对于创新的重视程度越来越高以及国家相关政策的激励,近年来其创新经费支出不断增加,但是与国外发达国家相比仍然较低,且存在创新经费使用效率较低、创新产出水平较低等问题。因此,为了使我国医药制造业有限的创新经费高效转化为创新产出,本研究从创新经费配置结构视角出发,探讨其对创新产出的影响。这对于优化我国医药制造业创新经费配置结构、提升其创新经费使用效率、有效促进创新产出以及加快其创新发展具有重大意义。本文首先通过文献研究和理论分析的方法梳理和归纳了我国医药制造业创新经费配置结构体系;在此基础上构建面板数据模型和面板门槛模型实证分析和比较了我国医药制造业创新经费基本配置结构、研发创新经费来源结构、研发创新经费使用结构和非研发创新经费使用结构对创新产出的影响效应;最后基于分析结果提出调整和优化我国医药制造业创新经费配置结构的对策建议,以有效促进创新产出。本文的主要研究成果如下:（1）在现有研究的基础上梳理和归纳了我国医药制造业创新经费配置结构体系:①我国医药制造业创新经费基本配置结构包含自主研发创新经费、合作研发创新经费、非研发创新经费;②研发创新经费来源结构包含政府资金、企业资金、境外资金和其他资金;③研发创新经费使用结构包含基础研究经费、应用研究经费和试验发展经费;④非研发创新经费使用结构包含引进境外技术经费、消化吸收经费、购买境内技术经费、技术改造经费。（2）明晰了我国医药制造业创新经费配置结构的现状和特点:①我国医药制造业创新经费基本配置结构呈现出以自主研发创新为主,合作研发和非研发创新为辅的结构特点;②我国医药制造业研发创新经费来源结构形成了以医药企业为主体,政府研发资金比重逐年减小,而境外资金和其他资金来源占比极小的结构特点;③我国医药制造业研发创新经费使用结构偏重于试验发展活动,基础研究和应用研究经费占比较少,形成了“轻研究重开发”的局面;④我国医药制造业非研发创新经费使用结构表现为以技术改造为主、逐步重视购买境内技术且减少引进境外技术的发展态势,并存在“重引进轻消化”的现象。（3）剖析和比较了我国医药制造业创新经费基本配置结构对创新产出的影响:①在我国医药制造业创新经费基本配置结构中提高自主研发创新经费和合作研发创新经费的比例均有利于促进创新产出,其中提高合作研发创新经费比例的促进作用最大,但是提高非研发创新经费的比例不利于促进创新产出;②我国医药制造业自主研发创新经费占比、合作研发创新经费占比对创新产出均具有单门槛效应,在不同的门槛区间内对创新产出的影响效果不同。（4）剖析和比较了我国医药制造业研发创新经费来源结构对创新产出的影响:①在我国医药制造业研发创新经费来源结构中提高政府资金的比例不利于促进创新产出,提高企业自有资金的比例则有利于促进创新产出;②我国医药制造业研发创新经费来源结构中企业自有资金占比对新产品销售收入具有单门槛效应,只有其占比高于95.70%时才能起到促进作用。（5）剖析和比较了我国医药制造业研发创新经费使用结构对创新产出的影响:①我国医药制造业研发创新经费使用结构中的研究阶段经费和开发阶段经费存在最优配比能够最大化促进创新产出;②随着经济发展水平的提高,其研发创新经费使用结构的最优配比也要动态调整,需要进一步提高研究阶段经费的占比才能最大化促进创新产出;③我国东部和中西部地区医药制造业研发创新经费使用结构的最优配比不同,东部地区医药制造业研究阶段经费的最优占比大于中西部地区。（6）剖析和比较了我国医药制造业非研发创新经费使用结构对创新产出的影响:①在我国医药制造业非研发创新经费使用结构中提高引进境外技术经费的比例不利于促进有效发明专利数,但是当其占比超过27.4%后能够有效促进新产品销售收入;②在我国医药制造业非研发创新经费使用结构中提高购买境内技术经费的比例有利于促进创新产出,但是当其占比超过42%后将不利于促进新产品销售收入;③在我国医药制造业非研发创新经费使用结构中提高技术改造经费的比例不能有效促进创新产出。（7）基于实证分析结果并结合我国医药制造业创新经费配置结构现状,分别从创新经费基本配置结构、研发创新经费来源结构、研发创新经费使用结构、非研发创新经费使用结构四个方面提出有利于其结构优化的对策建议以有效促进创新产出,以期为政府相关部门和医药企业制定创新策略以及提升创新产出水平提供科学依据和决策借鉴,进而促进我国医药制造业创新驱动的可持续发展。