水稻(Oryza sativa L.)是世界上主要粮食作物之一,稻瘟病是由真菌Magnaporthe oryzea引起的水稻重要病害之一。在水稻整个生长周期中都有发生,其中以苗瘟和穗瘟的发生更加普遍。实践证明,挖掘和鉴定广谱、高抗稻瘟病基因,培育、推广抗稻瘟病水稻品种是防控稻瘟病最为经济有效的措施。然而,稻瘟病菌的致病性极易变异,携带单个抗性基因的水稻品种在推广种植3-5年后便失效,其抗瘟性会下降甚至丧失。因此,需要鉴定和挖掘新的抗稻瘟病基因,尤其是具有持久抗病性的基因,培育和推广具有持久抗病性的水稻品种,对于控制稻瘟病的发生、稳定水稻产量具有很重要的意义。全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)方法以大量表型数据和分子标记数据作为支撑,找到与性状相关联的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)位点,进一步对SNP位点内的候选基因进行预测和分析,找到相关性状控制的关键基因,具有省时且效率高的特点,在有利基因发掘和鉴定研究中有很好地应用前景。本研究对201份已测序的水稻自然群体材料的苗瘟抗性进行全基因组关联分析,120份已测序的水稻自然群体穗瘟抗性进行全基因组关联分析,鉴定到一些抗苗瘟和穗瘟的关联位点,为水稻抗瘟性遗传育种提供基础。研究结果如下:1、在苗期,用北1和40E3两个菌株对201份水稻自然群体材料进行了两次接种鉴定苗瘟抗性,GWAS分析结果显示,接种北1时,共检测到44个与抗性相关联的SNP位点,其中第一次接种检测到37个位点,第二次接种检测到21个位点,两次接种共同检测到的SNP位点有14个;这14个与北1抗性相关联的SNP位点中有4个与前人报道的位点一致,其余10个位点可能是新的抗性关联位点。接种40E3时,共检测到58个与抗性相关联的SNP位点,其中,第一次接种检测到48个位点,第二次接种检测到30个位点,两次接种共同检测到的SNP位点有20个;这20个与40E3抗性相关联的SNP位点中有14个与前人报道的位点一致,其余6个可能是新的抗性关联位点;2、在抽穗期,用北1对120份水稻自然群体材料进行接种鉴定穗瘟抗性,GWAS分析结果显示,接种北1时,共检测到32个与抗性相关联的SNP位点,其中有11个位点与前人报道的位点一致,其余21个位点可能是新的抗穗瘟关联位点。