在新医改推进已近十年的今天,我国卫生行业主管部门及部分学者、医院管理者逐渐认识到了在公立医院构建起完善的内部控制的必要性和迫切性,并开始研究、借鉴国内外成功组织的实践经验,在公立医院的管理运营中引入内部控制。但是由于我国公立医院的双重目标导向（即功能性目标和公益性目标）和运营管理的特殊性（即业务和相关政策的复杂性）,内部控制理论体系以及《行政事业单位内部控制规范（试行）》在我国公立医院的有效实施和运用是不可能一蹴而就的,基于此现实,在该领域的研究还有待进一步的加强。在理论方面,借助对文献的研究,通过对控制论、信息论、系统论三论基本原理和对内部控制框架理论的讨论,深入解读公立医院内部控制的相关概念。将公立医院界定为国家为了公益目的,由政府或其他组织利用国有资产举办,从事医疗卫生服务,以满足人民群众对医疗保健的需求,并被纳入财政预算管理的事业单位。因此,我国公立医院需要肩负起保障基本医疗服务公平享有、保障疑难病症和急危重症诊疗服务可及、保障公共服务、缓解医疗市场信息不对称以及推动医学发展这五大基本职能;兼具了国有性、非营利性（公益性）和知识密集三大组织特征。所以其管理运营必须考虑四大特殊性:即运营包含公益和功能双重性目标、业务活动网络化扩张、专业性技术复杂、资源配置庞大复杂。我国公立医院的五大基本职能、三大特征和四大特殊性共同决定了内部控制建设是具有挑战性的。在实践方面,本论文以H公立医院为案例,结合理论与现实情况开展了深入的分析。H公立医院作为一家历史长久、体量巨大并且在近年来高速发展的国家级城市公立医院,其管理运营一直是国内的行业标杆,但认真审视其经由财政部系统审核良好的内部控制体系与运行情况,其单位层面、业务层面以及信息层面均积累了一些不能忽视的问题,诸如内部控制年度报告反映:内部控制机构的组织保障的不足;风险评估尚未完全覆盖业务层面的内部控制;内控评价与监督的结果应用成果一般;四类关键业务的管理没有进行轮岗;内部控制信息化建设只覆盖到了部分业务,内部控制信息系统没有全部实现互联互通等等,导致该公立医院内部控制三年的评价结果出现了徘徊反复,整体水平提升有限。经过综合分析,制约H公立医院内部控制体系持续优化的症结在于其内部控制框架的五大要素未能整体发力,除其内部控制环境有待优化,未能充分应用风险评估、内控评价两大要素对内控体系的调节优化作用。对此,本论文针对H公立医院的内控环境、风险评估、内控评价提出了包括完善内部控制机构、明确职责分工、做好制度准备、全面开展内部控制评价及对信息系统进行分类优化这五大对策,旨在进一步改善H公立医院的内部控制环境,同时充分发挥风险评估和内部控制两大调节机制的优化作用,从而实现提升其内部控制体系整体有效性的目的。