应用生物信息学方法分析肾透明细胞癌中FKBP11的表达

来源 :山东大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tower2008
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研究背景:肾细胞癌(Renal Cell Carcinoma,RCC)是人类10种最常见的癌症之一,也是泌尿系统常见的恶性肿瘤,其发病率逐年上升。RCC的病理类型包括嫌色细胞癌、乳头状细胞癌及透明细胞癌(clear cell Renal Cell Carcinoma,ccRCC)等。其中ccRCC是RCC中最常见的病理类型,占肾脏上皮肿瘤的70%~85%。男性比女性发病率更高。对于早期的局限性ccRCC患者,目前首选外科手术治疗。但早期RCC缺乏典型的临床表现,相当一部分患者在初次就诊时已经进展到疾病晚期阶段。而对于晚期RCC,由于错过最佳手术时机,且放化疗、免疫治疗及分子靶向治疗等在临床应用上存在诸多问题,如今仍缺乏安全高效的治疗方法。目前ccRCC 5年生存率较之前有所改善,但总体生存率仍然较差,特别是对于复发或者转移的晚期患者,其生存率极低(5%~10%)。因此,探索关于RCC早期诊断相关的生物标志物及治疗靶点的任务日趋紧迫。FKBPs(FK506-binding proteins)是免疫抑制剂他克莫司FK506和雷帕霉素的细胞内特异性受体,FKBPs在多种肿瘤细胞的发展过程起到重要作用,包括促进癌细胞增殖、迁移、侵袭以及调节细胞凋亡。FKBP11是从甘氨酸N-甲基转移酶(GNMT)基因敲除小鼠中发现的一种潜在的新型标记,经研究发现FKBP11可能是肝细胞癌及评估黑色素瘤及骨肉瘤高危风险的潜在早期标志物。以此为依据,探索FKBP11是否可成为RCC新的生物标志物及治疗靶点。研究目的:应用生物信息学的方法探讨FKBP11在ccRCC中的表达情况,并分析FKBP11表达水平与患者临床病理特征的相关性,以及FKBP11表达对ccRCC患者预后的影响,以分析FKBP11对于ccRCC的意义。研究方法:通过Ualcan数据库检索FKBP11在ccRCC中与正常组织中表达情况,并分析其表达情况与ccRCC患者临床病理特征的相关性。运用GEPIA数据库分析TCGA数据库中FKBP11在人体各肿瘤组织如ccRCC组织与正常肾组织表达差异以及ccRCC患者中其表达情况及其对预后的影响。通过HPA数据库进一步分析FKBP11在ccRCC中的表达水平及与病理分级的关系,并验证该基因与ccRCC患者预后的相关性。通过这几个维度分析FKBP11在ccRCC中的作用。结果:FKBP11在ccRCC中mRNA的表达较正常肾组织升高,通过Ualcan数据库检测发现FKBP11在ccRCC病理分级中正常肾组织与Grade1,Grade2,Grade3,Grade4 中表达差异分别为 P=5.78E-05,P=1.62E-12,P=1.11E-16,P=1.63E-12。在ccRCC的两个基因分子亚型(ccA和ccB)中正常与ccA及ccB中表达差异均为P=1.62E-12。以及TNM分期中正常与NO及N1分期各亚组之间的表达有差异,分别是P<1E-12,P=8.26E-05。以上差异具有统计学意义(P<0.05),且随着ccRCC病理分级的升高,FKBP11的表达存在上调趋势,其表达水平与ccRCC的进展相关,而FKBP11的表达水平与年龄、性别、人种各亚组之间相互比较,差异无统计学意义(P>0.05)。FKBP11高表达组患者的总生存率较低表达组患者更低(P<0.01)。结论:通过检索数据库信息并分析,发现FKBP11的mRNA在ccRCC中较正常肾组织表达呈高表达,其在ccRCC的不同分期、病理分级及亚型各亚组之间存在表达差异,而FKBP11的表达水平与年龄、性别、人种各亚组之间相互比较差异不明显,较差的病理分级及分期及病理亚型亚组中FKBP11的表达更高,且呈高表达的FKBP11的ccRCC患者的总生存率及无瘤生存率相对低表达患者更低。提示FKBP11可以作为ccRCC早期诊断、分期及评估预后的潜在的生物标志物。
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