近年来,党和国家以建设“创新型国家”为重要战略目标,不断增加科研项目经费的投入,为提升我国科技创新实力提供资金支持。科学事业单位作为我国事业单位的一个重要类型,在我国科技研究领域承担着关键职能。但在国家审计、巡视过程中,科学事业单位的科研经费管理往往会暴露众多问题,科研经费存在一定程度上的浪费现象。完善科学事业单位的科研经费管理内部控制体系,规范科研经费的使用,可以保证科研项目的顺利实施,对我国科技创新事业的飞速发展具有重要意义。本文主要运用文献分析法和案例分析法,通过查阅文献,结合COSO内部控制整合框架、行政事业单位内部控制规范等相关理论,以N科学事业单位为研究对象,对其科研经费管理内部控制体系进行研究。首先,本文通过对科学事业单位、科研经费等相关概念的界定,对内部控制相关理论的梳理和总结,确定本文以COSO内部控制整合框架五要素为基础建立完善科研经费内部控制体系。然后根据N科学事业单位的科研经费管理内部控制体系现状,提出其中存在的问题,并分析其成因。最后针对问题提出相应的完善科研经费管理内部控制体系的措施,以期提高N科学事业单位科研经费管理水平,并为我国科学事业单位的科研经费管理内部控制体系建设提供参考和借鉴。