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柑橘(Citrus L.)是世界上最重要的经济作物之一,是全球第三大贸易农产品,具有丰富的食用价值,药用价值,生态价值以及文化价值。我国是世界上最大的柑橘生产国,千百年来形成了独特的栽培管理模式和传统消费习惯,然而我国柑橘种质种类繁多,来源复杂,品种更新缓慢,因此培育出外观美、品质优、产量高、易栽培的优良品种,来提高柑橘品质具有重要意义。柑橘中基于SSR、AFLP、RAPD等分子标记的关联分析研究已有很多报道,但是基于SNP标记的关联分析近年来才有所报道。本研究选取了5个候选基因或基因片段(类胡萝卜素裂解双加氧酶(CcCCD4a)、对羟基苯基丙酮酸双加氧酶(CcHPPD)、谷氨酸脱氢酶(Cc GLDH)、花同源蛋白B(CcPMADS2)、胼胝质合成酶-1’3-β合成酶亚基(CcCal S10-FKS1)),在96份柑橘种质构成的自然群体中应用靶向测序技术,获取了分布在5个候选基因中的173个高质量SNPs。对60份柑橘种质的5个表型性状(果皮颜色、果肉颜色、果实硬度、剥皮难易、成熟期)进行表型鉴定,并利用表型数据及鉴定到的SNPs进行遗传多样性及群体结构分析,将表型数据与基因型数据结合进行基于候选基因的关联分析,从而鉴定出与表型性状显著关联的变异位点。主要结果如下:1.对60份柑橘种质的果皮果肉颜色、硬度与剥皮难易以及成熟期等5个表型性状进行鉴定,获取了不同柑橘种质的表型数据,筛选出特异种质,和野生资源、地方品种相比,选育品种的果皮色泽更偏红色,果实硬度更大、更难剥皮,成熟期趋于更早或者更晚。2.利用靶向测序技术对96份柑橘种质的5个候选基因进行测序,共获得6.2Gb的测序数据,平均测序深度为1221—2090×,平均覆盖度为99.74%,经过滤鉴定出173个SNPs,基于获取的SNPs,进行中性测验、核苷酸多态性分析和系统进化分析,结果表明在96份柑橘种质组成的群体中CcCCD4a在选育过程中多态性增加,变异趋于扩张,而CcHPPD、CcGLDH、CcPMADS2和CcCal S10-FKS1在选育过程中多态性降低趋于稳定,优势突变被富集,冗余变异衰退。3.用经过筛选得到173个SNPs和60份柑橘种质的表型性状,采用混合线性模型(MLM)对5个性状进行关联分析。CcCCD4a的669、CcHPPD的1537和CcGLDH的2246、2445处SNP与果皮颜色显著相关;CcCCD4a的1067和CcGLDH的2246、2445处SNP与果肉颜色显著相关;CcCalS10-FKS1的26208处SNP与果实硬度及剥皮难易显著相关。