为了促进生态环境保护治理工作,政府采取了一系列促进环境保护工作的措施,其中排污费制度就是其中一项最基本的经济手段。排污费制度自1979年实施以来,排污费的征收数额逐年不断上升,从2005年的57.9亿元到2015年的178.5亿元,其征收和使用环节中存在的问题也在日益凸显,从少征、缓征到支出被挤占、不合规分配,尚需加强监督和完善。因此,进入21世纪以来,我国各级审计机关先后开展了 46个重点城市排污费审计,排污费审计已成为审计机关开展环境审计工作的重要内容。与其他国家相比,我国对环境审计的研究和实践工作都起步较晚,对排污费审计的理论研究和实践总结更是少之又少。本文在借鉴国内外的理论研究的基础上,将排污费审计的概念界定为由审计机关为主体,对相关部门对于排污费征收、管理和使用过程中的环保责任和环保工作依法进行监督、评价和鉴证的过程。在对排污费审计的基本要素分析部分,对排污费审计的主体、内容、目的和依据等要素进行了探讨总结。在理论框架的支撑下,本文对JH区排污费审计的案例进行了深入研究,具体分析了案例中的审计程序和审计方法,客观指出其获得的成果,也对案例中存在的排污费审计依据模糊、审计范围狭窄、审计方法有待创新、对专家的工作利用不充分以及后续整改得不到落实等问题进行了分析。针对案例中发现的问题,从完善相关立法和审计准则、扩大审计范围、充分利用环保专家工作、加强信息化手段的应用以及落实审后整改问责等角度提出了有针对性的改善建议。为了进一步加强环境治理工作,我国对排污费制度进行了“费改税”改革,将于2018年起征环保税。“费改税”是为了加强征收力度,征收权力移交给税务部门,本文在目前的制度下进行研究,有一定的局限性,但所提出的问题建议也可为环保税征收的审计提供借鉴,切实促进征收管理工作。