随着各区域政府不断深化改革来促进经济贸易的发展,水运口岸通关贸易量也随之增长,特别是内陆水运口岸的经营现状已经远远不能满足通关需求。长江上游区域是国家“一带一路”建设的重点经济带,而重庆港水运口岸作为长江上游最具有发展前景的水运口岸,目前的运行情况与上海、宁波等口岸相差仍然较大。基于上述背景,本文通过对重庆港水运口岸集装箱货物通关作业全流程的梳理,建立了通关作业流程的模型,从定性和定量两个角度对模型进行研究,在此基础上提出重庆港水运口岸通关流程的优化措施,并通过分析优化前后的时间指标进行结果的验证。本文首先通过阅读大量相关文献以及在查阅相关政府网站资料,分析了重庆港水运口岸通关模式的演变过程,通过分析长江经济带水运口岸改革现状以及国内外先进口岸通关模式,揭示了重庆水运口岸通关模式当前存在的不足。其次,本文将重庆港水运口岸集装箱货物通关流程与Petri网建模理论相结合,将冗长流程划分为前期准备、报检查验、报关查验以及货物提离四个阶段,在利用关联矩阵分析法验证模型的准确性后用ExSpect仿真软件进行仿真,确定了模型的可实现性。第三,采用关联矩阵重组法将原Petri网模型划分为若干子网,同时利用马尔科夫链分析方法计算出各个环节的利用率,分别从定性和定量两个方面对总流程进行分析,根据结果提出优化重庆港水运口岸通关流程的策略。最后,根据前文分析基础建立优化后的流程模型,检验模型准确性后进行仿真,证实了优化策略的可行性。本文关于重庆港水运口岸通关流程的研究在理论与实际应用方面均有一定的价值。在理论方面,本文建立的研究模型及研究方案,为重庆港水运口岸通关流程的优化研究在理论上提供了研究思路,据此提出的优化决策也为现实中进一步提高重庆港水运口岸通关效率提供了参考。