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棒花鱼Abbottina rivularis(Basilewsky)广泛分布于除青藏高原外澜沧江以东的各主要淡水水系,是我国特产的一种小型经济鱼类。荷马条鳅属Homatula是我国特有类群,目前,对红尾荷马条鳅Homatula variegata(Sauvage et Dabry)的形态学分类地位存在争议,大多数学者将其归入到副鳅属,近期部分学者认为副鳅属是西亚特有类群,而红尾荷马条鳅却是中国的特有类群,所以应该把它归入到属于自己的属级类群中,即荷马条鳅属。本研究采用LA-PCR与Sub-PCR相结合的方法对棒花鱼和红尾荷马条鳅旬阳坝种群线粒体基因组全序列进行扩增,然后将Sub-PCR扩增与纯化产物直接进行测序、拼接、注释和分析。将从NCBI数据库中下载的已收录的32种鲤形目鱼类及本研究测定的棒花鱼和红尾荷马条鳅线粒体基因组全序列分为rRNAs、PCGs和rRNAs&PCGs三个数据集,以脂鲤亚目的大鳞脂鲤和电鳗亚目的裸背电鳗为外群,采用MP法、ML法和贝叶斯推论法构建系统发育树,对鲤形目物种的系统发生关系进行分析。主要结论如下：1.棒花鱼和红尾荷马条鳅线粒体基因组全序列长度分别为16597bp和16570bp。两个物种的基因组组成结构均与其他鲤形目鱼类的基因组组成结构一致,线粒体基因组均包括：22个tRNAs基因、2个rRNAs基因、13个PCGs及一个非编码区(D-loop)。2.棒花鱼线粒体基因组全序列具有AT偏向性,A+T%含量为55.7%,此外,tRNAs基因、rRNAs基因、PCGs和非编码区等组成部分也具有AT偏向性,A+T%含量分别为55.4%、54.1%、55.3%和64.9%。红尾荷马条鳅线粒体基因组全序列的碱基组成也有AT偏向性,A+T%含量为55.6%,其全序列的AT偏移值为正值(0.061151),GC偏移值为负值(-0.22072),说明红尾荷马条鳅基因组全序列中碱基A和C的含量分别高于T和G。3.棒花鱼线粒体基因重叠区7处24bp,重叠碱基数从1-7bp不等,其中PCGs之间重叠区4处；基因间隔区12处60bp,间隔长度从1-31bp不等,最大的间隔区位于tRNAAsn与tRNACys基因之间,间隔长度为31bp。红尾荷马条鳅mtDNA中也存在基因重叠与间隔现象,基因重叠区8处29bp,重叠碱基数从1-10bp不等,其中4处重叠区位于PCGs之间；基因间隔区11处63bp,间隔长度从1-30bp不等,最大的基因间隔也位于tRNAAsn与tRNACys之间,间隔长度30bp。4.在棒花鱼和红尾荷马条鳅的PCGs中,除COI基因的起始密码子为GTG外,其余12个基因的起始密码子均为ATG。两种鱼类的PCGs中均含有完全终止密码子和不完全终止密码子两种。5.除tRNASer(AGN)基因外,其余21个tRNAs基因均可以折叠成典型的三叶草型二级结构。两种鱼类的tRNAs基因二级结构中均存在一定数量的碱基错配,且以G-U错配为主。6.棒花鱼和红尾荷马条鳅rRNAs(12S rRNA和16S rRNA)基因,均位于tRNAPhe基因与tRNALeu(UUR)基因之间,并且被tRNAVal基因隔开,A+T%含量分别为54.1%和53.9%。7.在WANCY区域中均发现了轻链复制起始位点(OL),位于tRNAAsn与tRNACys之间,有折叠为稳定臂环二级结构的潜能,在OL序列中发现了保守基序5’-GGCGGG-3’。棒花鱼OL全长34bp,红尾荷马条鳅OL全长33bp。8.棒花鱼和红尾荷马条鳅的非编码区均位于tRNAPro和tRNAPhe基因间,全长分别为928bp、923bp,通过与其他硬骨鱼类mtDNA控制区及各区域关键序列和保守序列的比对,发现棒花鱼和红尾荷马条鳅mtDNA的控制区均包括终止序列区、中央保守区和保守序列区三个功能区。9.利用MP法构建的3种系统发育树均分为三支,其中条鳅亚科的马氏梵条鳅单独聚为一支,这与ML法和贝叶斯推论法构建的发育树拓扑结构不同。ML法和贝叶斯推论法构建的系统发育树聚类情况基本一致,只是分支内各亚科的相对位置有些不同。10.用三种方法构建的9种发育树中,两种群红尾荷马条鳅均聚在一起,然后分别与斯氏高原鳅、贝氏高原鳅、须鳅和背纹南鳅聚在一起,形成条鳅亚科支系,这从分子系统发生方面支持了把红尾荷马条鳅划归到属于荷马条鳅属中的观点。