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近年来，我国猪群疫病呈大面积流行态势，给各地的养猪业造成了极大的威胁和重大经济损失，湖南省作为传统养猪大省也未能幸免。为解决猪群疫病防治问题，我国各级政府、研究单位投入了巨大的资金、人力、物力开展疫病病因的界定、防治技术研究。通过对15个省（自治区、直辖市）发病猪群连续不断的调查、检测，初步确定猪瘟(CSF)、猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)、猪圆环病毒感染(PCI)是造成各地猪群发病的主要病因。为进一步了解湖南省猪群主要疫病病因、病原分子流行病学本底及演化规律，为制定湖南省猪群主要疫病防控规划提供参考依据，2006年7月-2007年6月，本研究对来自湖南省16地市的249份发病猪样品进行了上述三种病原的RT-PCR/PCR检测、病原分离鉴定及分子流行病学分析。
1.试验一通过RT-PCR/PCR方法对收集的249份病料进行CSFV、PRRSV、PCV2病原检测。结果:CSFV核酸阳性66份，检出率为26.5％; PRRSV核酸阳性106份，检出率42.58％; PCV2核酸阳性72份，检出率28.9％;三种病原以PRRSV的检出率最高。单一感染CSFV28份、PRRSV55份、PCV231份;双重感染CSFV-PRRSV21份、PRRSV-PCV224份、CSFV-PCV211份;三重感染6份。可以推测，PRRSV可能是湖南省猪群最主要的病原，在防控方面应予以重视。
2.实验二根据地域及种群代表性原则，挑取部分经RT-PCR检测CSFV核酸呈阳性的病料接种PK-15细胞，获得了30株CSFV地方流行株，对其E2基因片段(272bp)进行克隆、测序。结果:分离株E2基因与国内外流行毒株GXWZ020406、CH01 TWN、Brescia等E2基因核苷酸同源性为76.9％-99.6％，差异较大，说明湖南省CSFV正向着不同方向进化;与疫苗毒株(HCLV)核苷酸同源性在76.9％-96.7％之间，其中同源性低于85％的有23株，仅有HUN280一株与其同源性较高(96.7％);各分离株之间同源性在76.9％-100％之间，这说明当前湖南省CSF地方流行毒株可能已经形成，且朝着远离疫苗株的方向进化。同时，目前没有发现周边其他国家地区发现的基因3型毒株。
3.试验三根据地域及种群代表性原则，挑取部分经RT-PCR检测PRRSV核酸呈阳性的病料接种Marc-145细胞，获得了50株PRRSV流行毒株，对分离株ORF5基因克隆、测序，得到603bp的目的基因片段。核苷酸同源性分析表明分离株ORF5基因之间的核苷酸同源性为95.5％～100％;与VR-2332国外美洲型毒株和BJ-4、CH-1a、HB-1、HB-2国内美洲型毒株的ORF5基因核苷酸同源性为88.1％～98.4％;遗传进化分析表明，分离株和CH-1a、YA、HB-2株属于同一分支，而与VR-2332、MLV、HB1等遗传关系较远。表明，全部分离株均属美洲型PRRSV，来自该省16个地市的50个PRRSV分离株间无明显地域差异。
4.实验四据地域及种群代表性原则，挑取部分经PCR检测PCV2核酸呈阳性的病料接种PK-15细胞，获得了22株流行毒株，对分离株全基因进行克隆、测序，得到1768bp的目的基因。对22株PCV2分离株全基因序列进行同源性比较分析，结果表明我国PCV2流行毒株之间有非常高的同源性(96.3％～99.8％)，与国内外PCV2流行毒株之间也有很高的同源性（95.5％～99.9％）。从系统发生进化树可以看出，我国PCV2流行毒株与美洲、欧洲和亚洲等地的PCV2都有很近的亲缘关系。这说明PCV2没有明显的地域性差异。