长白山不同海拔湿地微生物多样性分析

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长白山自然保护区是我国保持比较完整的自然生态系统之一,是一座天然的"自然博物馆"和巨大的"生物基因库"。区内有许多天然湿地,其受到独特的地形、气候、水文等因素的影响,决定了其具有丰富的微生物种类。因此,本文主要研究长白山不同海拔湿地土壤微生物的群落结构以及多样性。本研究对长白山北坡和西坡12个不同海拔湿地的土壤样品,用两种方法研究了湿地微生物群落结构及多样性:利用MIDI微生物鉴定系统,对从不同海拔湿地土壤中分离纯化的8种优势菌株进行鉴定,其结果,菌株R2Al-6-2、NA1-5-3属于芽孢杆菌(及Bacillus),地衣芽孢杆菌种(Bacillus-licheniformis);菌株R2A 2-6-2属于芽孢杆菌(Bacillus.sP);菌株R2A 1-6-4、NA 2-4-1属于芽孢杆菌(Bacfllus),泛酸枝芽孢杆菌种(Virgibacillus-pantothenticus);菌株 NA l-4-2 属于芽孢杆菌(Bacillus),蜡状芽孢杆菌种(Bacfllus-cereu);菌株NA 1-5-1属于藤黄微球菌(Micracoccus-luteus);菌株NA2-4-2属于类芽孢杆茵(Paenibacillus-alginolyticus)菌优势菌株间的相似性水平较低。利用PCR-DGGE分子生物学技术和系统发育分析等方法,分析了长白山不同海拔湿地土壤微生物的多样性。对湿地土壤中总DNA的16S rDNA的V3可变区进行PCR扩增,并优化扩增体系及反应条件。结果表明:扩增体系:25.0μL,10×PCR Buffer(Mg2+ plus):2.5μL;dNTP Mixture(0.25mM):2.0μL;各引物(10μM):1.0 μL;Taq 聚合酶(5 U/μL):0.3 μL;模板 DNA(土壤 DNA):5.0 μtL;ddH20:13.2μL。PCR扩增程序:94℃预变性9min;94℃变性30 s,55℃退火30s,72℃延伸30 s,共30个循环;72℃延伸7 min,得到的目的基因片段长度为230 bp。通过DGGE对扩增产物进行分离,并优化条件参数。最优条件为:电压80 V,胶浓度为8%,变性梯度范围是55%~70%,电泳时间13.5 h。回收26个清晰的条带,对8个特征性条带进行测序,结果表明长白山湿地土壤的优势菌株为Uncultured bacterium,Uncultured actinobacterfum(放线细菌属),Uncultured Pseudonocardia sp.(假诺卡氏菌),Uncultured Methylobacteriums sp.(甲基杆菌属),Uncultured Rhizobiales bacterium(菌属)。
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