政府部门间关系是公共行政领域中的一个永恒话题，也是行政组织理论中的一个重大课题，无论是韦伯的官僚制理论、新公共管理理论，还是虚拟政府理论、网络治理理论、无缝化政府理论以及“整体政府”(Holistic Government)理论等都对部门间关系进行了颇有意义的理论探讨，其根本宗旨就是为了减少部门之间、部门与社会之间的交易成本，促使交易更具效率和有效性。这些理论虽然是在西方的话语背景下构建起来的，但揭示了部门间关系发展的普遍规律，对研究和改善当代中国政府部门之间的关系，降低部门之间、部门与社会之间的交易费用，仍具有启迪作用。政府管理“碎片化”、部门之间协调与整合不力，是当前很多国家在公共行政实践中所遇到的共同问题，美国“9.11”事件没有被及时制止的主要原因之一就是美国反恐斗争中部门协作不力。“整体政府”作为与部门主义、视野狭隘和各自为政等相反问题情景而提出来的一种新思维，就是要实现1+1>2。现代信息技术的进步以及互联网的发展使“整体政府”成为可能。政府部门的设置及其关系的定位是否科学、合理，一个非常重要的衡量标准就是部门之间、部门与社会之间交易费用大小的情况。因此，交易费用理论为科学设置部门、改进部门间关系、改变部门的自我中心主义和提高整体效能提供了方向和理论视角。本文对食品安全监管部门间关系的探讨正是基于交易费用这个理论视角。　　 与学术界对政府间关系的热切关注形成鲜明对比的是，目前国内学者对“条块分割”体制下的我国政府部门间关系的研究关注明显不够。正如政府是有独立的利益一样，政府部门也是有相对独立的利益的。而我国部门利益的形成既有计划经济体制的惯性运作方面的原因，又与转型期伴随商品经济、市场经济发展而来的利益意识觉醒有关。随着政府部门的自主性逐渐增强，“部门行政”通过利用经济转型期各种制度性漏洞而侵蚀“公共行政”的可能性也在增强，部门间关系的问题也变得错综复杂起来，现实中的“九龙治水”、“多头监管”、“有利争着管，无利都不管”、“十几个部门管不好一桌饭”、“七八个部门管不好一头猪”等现象正是部门间关系复杂化的一种反映。随着公共事务治理的跨界性特征越来越明显，部门之间的协调与合作问题将变得越来越重要，显然，目前国内数量不多、质量不高的部门间关系研究现状是明显滞后于现实公共行政的实践发展需要的。本文把部门之间的关系置于中国市场化改革的背景下进行考察，无疑是具有重要的理论与现实意义的。　　 食品安全治理的“碎片化”是现代公共事务治理带有一定普遍性的问题，这是以韦伯的官僚制理论为基础构建的传统组织结构模式在21世纪的公共事务治理遇到的普遍性困境。随着公共管理事务的日益复杂化以及公共治理环境的快速变化，政府所面临的问题不仅仅是过去单一行政区域和单一部门的问题，更多的是复杂多面向的跨部门、跨区域的问题。而部门职能分工的过于细化、组织结构严重的“碎片化”、行政业务流程的支离破碎、部门的自我中心主义等不但影响了政府行政效益和效率的提高，增大了部门间的交易成本；而且严重削减着政府的治理能力，使在碎片化、自我封闭、相互隔离的制度结构下的政府显得越来越力不从心。因此，打破“层级制政府”(Hierarchical government)下的部门壁垒和自我封闭的状态，强化政府部门之间的协调与合作，促进政府功能的整合以及部门之间资源的共享，从而最大限度地提高政府的治理绩效，已经成为包括中国在内的全球公共行政改革的趋势。而“整体政府”(Holistic government)正是针对公共部门和公共服务中日益严重的“碎片化”问题而提出的一种新型的政府改革治理模式。本文将政府部门间关系放在食品安全治理的“碎片化”背景下来进行考察，对食品安全监管部门间合作的困境以及可能出路进行探讨，既是对西方的“整体政府“理论如何在中国的话语体系下具体应用的一种回应，也是对当前我国的“大部制”改革实践的一种理论上的探索，希冀借此为中国的食品安全监管体制改革尽绵薄之力。　　 本文采取定性研究方法以及案例研究工具，立足于我国食品安全监管的现状，以交易费用理论为研究视角，试图从体制的变迁、制度的设计以及制度的运行与实践三个对我国食品安全监管部门间合作的困境进行探究。就论文的逻辑组成而言，本论文主要包括“现实描述”和“理论解释”两部分。“现实描述”是指对我国食品安全监管部门间关系的现状以及“十几个部门管不好一桌饭”的食品安全监管困境进行描述，这里的描述主要是基于实地的调研材料进行的；“理论解释”是指对我国食品安全监管“碎片化”的可能成因进行理论解释和分析，这里的解释主要是运用交易费用理论，借用“关系性合约”、“机会主义行为”、“外部性”等概念工具进行。就论文结构而言，第一章主要是阐述研究背景，提出研究问题和研究的目的和意义，对核心概念进行界定，对相关研究文献进行梳理以及评述。第二章阐释了全文的分析框架，并且说明了研究设计的具体内容。第三章主要是从我国食品安全监管体制的变迁进行制度解释，即回答了“我国食品安全监管多部门监管体制是如何形成的?它演变过程中的背后原因是什么?从部门间关系的角度来看，现有的体制具有哪些特征”这些问题。第四章主要是从制度设计的角度对我国食品安全监管部门间关系的现状、存在的主要问题及其原因进行考察。第五章主要是从制度运行与实施的角度(即合作的角度)对我国食品安全监管部门间关系进行考察，主要是对食品安全监管部门间合作的困境以及合作困境背后的机理进行了探究。第四章和第五章共同回答了“为什么多部门分环节食品安全监管体制在现实中遭遇‘十几个部门管不好一桌饭’的困境?部门间合作困境背后的原因是什么?”这些问题。第六章在考察国外发达国家食品安全监管部门间关系变革的实践经验的基础上，针对如何突破食品安全监管部门间合作的困境提出了相关政策性建议，即回答了“如何走出食品安全合作监管的困境，迈向‘整体政府’?”的问题。