随着中国市场经济的快速发展，中国高等教育事业也在高速发展，高等院校的办学效益开始与其规模大小、质量相结合，并逐步走向市场。然而高等学校的预算管理在实际工作中暴露出了一些弊端，并没有跟上高校发展的新形势，其中最突出的一点就是绩效信息在高校预算管理体制中的缺乏，问责机制和激励机制并没有建立起，使得预算作为一种严格的资源配置机制未能发挥其应有的作用。在这个阶段的高校预算编制方法、编制周期、在各部门的预算支出控制，合理分配资源的目的难以实现，大量的资源长期滞留在低效益的地方，而不能适时转移到更加需要的地方。诸多问题的显现，使得高校预算管理越来越不能适应高校发展的需要，必须对之加以改革和优化。本文试图以某所高校JY农学院为蓝本，采用个案研究分析的形式，利用已有的相关研究成果，在分析和研究当前我国高校预算管理的情况以及充分借鉴吸收国外高校预算管理经验的基础上，针对目前我国高校在预算管理方面存在的相关问题，提出一些改进的思考，以期对JY农学院乃至其他高校预算管理提供一些有益的借鉴和参考。本文研究的主要内容有：第一部分绪论中，首先探讨了对高校预算管理进行研究的背景意义，进行了国内外研究综述回顾，分析了以前的研究成果，确定了研究主题。第二部分主要对高校预算的特点、预算方法和预算管理的基本理论以及我国高校预算管理的现状进行了分析。第三部分直接以JY农学院为例，介绍了该校预算管理现状及存在问题，并分析了国内高校预算管理的现状及存在的问题。第四部分对JY农学院预算管理存在的问题进行分析，并从中引出进行预算改革的必要性。第五部分提出构建以目标管理为指引，以部门预算和项目管理为基础的绩效预算管理体系。第六部分为JY农学院提出了完善绩效预算管理的相关保障措施。文章最后的结论部分，是基于以上研究成果的概括总结，对进一步深入研究提出了建议。