苦瓜是一种药食兼用的重要蔬菜作物,主要在亚洲、非洲和南美洲等地区种植;与葫芦科的其他作物相比,苦瓜的遗传育种及分子生物学研究还相对较少。InDel标记是基于基因组序列开发的一种新型分子标记,在基因组中大量分布,是构建遗传分子图谱的最佳选择。本研究使用来自斯里兰卡的苦瓜自交系‘04-17’和来自中国的苦瓜自交系‘47-2-1-1-3’进行杂交及严格自交授粉得到的F₂代113个单株为材料,构建了第一张含有164个InDel标记的苦瓜分子遗传图谱。结合田间苦瓜性状调查结果,对第一分枝节位、第一雄花节位、十节雄花数、果柄长、果肩宽、果长、果径、单果重、果面棱宽、果肉厚、种子长、种子宽和种子数进行了QTL定位,结果如下:1.以苦瓜亲本‘04-17’和‘47-2-1-1-3’的基因组DNA为模板,对2,502对InDel引物进行PCR扩增中,结果有2,466对引物能扩增获得清晰条带,有效扩增率为98.56%,其中有2,230对引物（占89.13%）获得单一扩增条带;212对引物（占8.47%）在两亲本间表现出多态性,并用于F₂代基因分型分析。通过软件joinmap4.0分析得到第一张含有164个InDel标记的苦瓜分子遗传图谱,该图谱包括15个连锁群,总长1,279.59 cM,标记间的平均距离为7.80 cM。2.结合田间调查数据,以MapQTL 6软件对第一分枝节位、第一雄花节位、十节雄花数、果柄长、果肩宽、果长、果径、单果重、棱宽、果肉厚、种子长、种子宽和种子数进行QTL分析,将第一雄花节位调控位点定位在连锁群LG8上的111.94¹19.87 cM遗传区间,其LOD值为10.04,对表型的贡献率为34.80%,加性效应为2.52,显性效应为-1.32;将十节雄花数调控位点定位在连锁群LG8上的107.43¹11.94 cM遗传区间,其LOD值为9.23,对表型的贡献率为33.60%,加性效应为-1.62,显性效应为0.83。