农民专业合作经济组织作为一种新的农业经营机制，通过组建以政府有关部门、涉农企业和农产品生产者为主体的专业协会、专业合作社等，引导农民自愿合作与联合，形成各种农业合作经济组织。农民专业合作经济组织在降低交易成本、规避市场风险、加快技术转移、形成规模经济、合理配置资源、保护农民利益等方面发挥着不可或缺的作用，越来越成为推动农业现代化的主导力量。　　 本文在汲取国内外有关农民合作经济组织相关理论、研究方法的基础上，界定了农民合作经济组织的内涵和相关概念，阐述了国内外农民合作经济组织发展状况，分析了新疆农民专业合作经济组织的发展现状，并以新源县农民专业合作经济组织建设为典型进行了问卷调查和实证分析，全面系统地分析了新疆农民合作经济组织发展中存在的问题；并通过介绍国内典型的农民专业合作组织运行模式，分析农民专业合作经济组织的基本培育模式和结构模式，提出新疆农民专业合作经济组织运行模式选择的原则及方法。最后，提出了新疆农民专业合作经济组织发展的对策：一是加强宣传教育,提高思想认识；二是夯实基础教育，提高农民素质；三是抓好试点示范，推广成功经验；四是强化内部管理，形成良好机制；五是加大扶持力度，营造良好环境；六是发挥供销合作社的作用，加强政府各部门的协作。　　 通过本文的研究，不仅可以为新疆农民合作经济组织发展提出一些指导性的意见和建议，而且为拟订农民合作经济组织发展规划和制定相关政策、促进各地区农民合作经济组织发展，提供一些借鉴和参考。