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骨骼肌是畜禽肉类的重要组成部分,其肌纤维类型是影响肉品质的重要方面,出生前肌纤维数量的增加和出生后肌纤维体积的增大都对肉质和产量有影响。因此,探究骨骼肌发育对于提高肉产量和改善肉品质具有重要的理论意义。越来越多的研究表明非编码RNA(non-codingRNA,ncRNA)在调控生物体的胚胎发育、组织分化、器官形成等生命活动扮演着重要的角色,并且对肌肉发育起重要的调控作用。尽管肌肉非编码RNA表达谱在多种动物上已有报道,但马属动物肌肉组织的非编码RNA的表达谱研究仍然较少。驴肉营养价值较高,在中国市场很受欢迎。德州驴是我国著名的优良畜种,其具有体格高大、结构匀称、外形美观、耐粗饲、抗病力强、出肉率高、役肉兼用的特点。为了揭示非编码RNA对驴肌肉发育的调控作用,本研究以德州驴为对象,通过对德州驴不同发育阶段(2月龄和24月龄)骨骼肌转录组进行高通量测序,进而筛选差异表达的mRNA及非编码RNA(lncRNA、miRNA),然后利用实时定量PCR技术验证测序结果,通过双荧光素酶基因报告系统等方法确定具有重要功能的miR-1的靶基因,以便为肉用驴的选育提供理论依据。主要研究结果如下:1.德州驴肌肉组织lncRNAs和mRNAs的鉴定及筛选本研究对德州驴两个时期的背最长肌进行lncRNA测序,共鉴定到37004个lncRNAs,筛选到183个差异的lncRNAs和628个差异的mRNAs。功能富集分析发现差异表达mRNA主要功能集中在参与多糖类结合和受体结合及负责能量代谢的AMPK信号通路。通过差异表达lncRNA靶基因预测和验证,发现lnc-008278、lnc-017241、lnc-030153和lnc-033914可能通过调控DCN、ITM2A、MUSTN1和ARRDC2的表达进而影响驴肌肉发育。通过q RT-PCR对mRNA及lncRNA表达量进行验证,发现其定量结果与测序结果基本一致。2.德州驴肌肉组织miRNAs的鉴定及筛选本研究对德州驴两个时期的背最长肌进行smallRNA测序,共鉴定到536个miRNAs,其中有422个已知的miRNAs,112个新miRNAs,大部分miRNA长度集中在21-23nt,经过差异表达分析发现45个差异miRNAs。对差异miRNA的靶基因进行功能富集分析,发现主要集中在MAPK信号通路、Ras信号通路,这些通路与肌肉发育有关。经miRNA靶基因预测分析,显示novel-204-COL6A2、ADSSL1-miR-370-ARRDC2、miR-125a-3p-MUSTN1和miR-328-PIK3R1等互作方式可能与肌肉发育有关,并通过q RT-PCR证实了以上结果。3.差异表达miR-1的靶基因的验证通过miRanda预测miR-1靶基因,并成功构建了IGF-1、TMSB4X、EFS1、TPM3、PLXDC2和ZZZ3这6个预测靶基因野生型及突变型双荧光素酶报告基因载体,经过双荧光素酶报告试验,证实miR-1与TPM3及ZZZ3存在靶向关系。综上,在德州驴的肌肉组织中鉴定到大量的miRNA、lncRNA及mRNA,将为德州驴肉用性能的分子选育提供理论基础。