医药制造业是关系国计民生的基础性和战略性行业，也是公认的高技术行业。对于医药行业的发展起着决定性作用的，是以新药研发为核心的技术创新，它可以称得上医药制造业的核心竞争力。在政府大力推动建设创新型国家的背景下，有必要研究政府补贴，研发投入和企业研发绩效间的关系，便于政府制定更利于医药行业发展的科技规划发展战略。本文选取了中国生物制药业上市公司作为研究对象，对政府补贴、企业研发投入和公司绩效间的关系进行了理论分析和实证研究,并据此提出相关政策建议。首先,本文从理论上分析了政府补贴和企业研发投入的重要性,对国内外相关领域的研究成果进行汇总和综述,并提出本文研究假设。其次,构建了实证模型，并基于国内2007年至2011年间28家生物制药上市公司的面板数据，通过实证研究，检验了研究假设。本文得出的主要观点主要有：1、政府研发补助对医药上市公司自主研发投入的增长起促进作用，企业规模和研发投入间有不显著的负相关关系；2、企业研发支出未能表现为连续的过程，当期的研发投入受到上期研发投入的影响不显著；3、公司研发投入强度与当期营业利润率间呈现不显著的正相关系，但对未来的企业营业利润率有较显著的促进作用，说明研发投入强度对营业利润率有滞后性影响。基于实证结论，本文提出以下建议:1、政府应加大对生物医药公司的研发补助,推动企业加大自主研发投入,成为研发主体。同时,应适当倾向于中小型药企，如出台一系列优惠的政策措施来鼓励和发展中小生物医药公司的研发活动。2、要进一步完善市场经济体制和各项法律法规,重点加强知识产权保护力度,激励企业持续不断地进行创新投入。3、拓宽医药公司融资渠道,发展债券市场、股票市场和风险投资市场,鼓励更多社会投资者投资医药行业研发活动。4、公司应完善自身体制和制度,建立内部创新激励机制,吸引高层次人才进行主动创新,同时加大与国际知名医药公司和研发机构的合作,实现知识的引进、消化、吸收和再创新。