本文从内部研发结构视角考察企业创新的优化机制问题。具体而言,本文分别通过构建理论模型、采用数值仿真、结合高新技术企业数据检验得到如下结论:(1)从市场角度看,研发结构与企业效率呈倒“U”型关系。(2)从社会角度看,研发结构与社会福利呈倒“U”型关系。(3)相对于社会最优而言,市场存在研发结构的选择偏向,并且这种偏向受制于价格竞争的有效性。当价格竞争效率较高时,市场倾向于过度投资高风险研发,忽视低风险研发;当价格竞争效率较低时,市场倾向于过度投资低风险研发。首先,理论部分构建一个最优研发结构决策模型,解决的核心问题在于“研发结构是否影响企业收益与社会福利,以及市场相对于社会最优而言是否存在研发结构的选择偏向”。围绕这一核心问题,模型沿循“框架构建——特例推演”的逻辑路径展开发现:研发结构与企业收益、社会福利密切相关但两者之间存在明显差异。相比于社会最优,市场存在研发结构选择的偏向性,并且这种偏向性与价格竞争效率有关。其次,采用数值仿真的方法,运用Matlab模拟指数分布形式下的理论模型。结果表明:一方面,研发结构与企业收益之间呈倒“U”型。同样,研发结构与社会福利也具有倒“U”型关系。另一方面,市场相对于社会最优存在研发结构选择偏向,这种偏向受制于价格竞争的有效性。当价格竞争效率较高时,市场相对于社会最优偏好高风险研发;反之,当价格竞争效率较低时,市场则偏向于低风险研发。最后,实证部分以国家最新年度认定的高新技术上市企业2007-2017年的经济数据为研究样本,运用DEA方法构建三投入、两产出的BCC模型,以企业效率作为被解释变量,以企业专利结构代理研发投入结构作为核心解释变量,最终建立非线性回归模型从市场角度验证研发结构对企业效率的影响。研究表明:研发结构与企业效率呈倒“U”型关系,那些积极创新的企业只有合理分配不同方向的研发预算才能实现企业利润最大化。通过如上内在一致的理论研究、数值仿真和实证检验,本文研究表明,市场相对于社会最优存在研发结构选择的偏向性。社会规划者有必要引导企业权衡不同方向的研发结构选择,既要高度重视企业自有资金在内部研发结构决策中的主体权利,又要积极出台一些鼓励高风险研发的政策,在研发补贴中“对症下药”,同时更要注意规范市场秩序以防止恶性价格竞争。