在关于大学学术权力与行政权力关系的讨论中,行政权力往往是遭受诟病的一方。为了更好地治理大学,有必要对大学行政权力的合法性问题进行理性的探讨。大学行政权力是随着大学发展和组织演变由学者权力让渡而来,同时,由于大学组织的公法人地位决定了政府要授权大学进行某种程度的公共管理。于是,大学行政权力从大学本身的需要和政府的授权中获得“历史与逻辑统一”的存在。存在并不意味着合法,而合法包括实质性合法和形式性合法。大学行政权力的合法性是指大学组织或组织中处于一定职位的成员按照大学法则和大学法规行使权力的统一。要构建大学行政权力的合法性基础,就必须说清楚大学行政权力实质性合法所依赖的“大学法则”和形式性合法所依赖的“大学法规”。由于大学行政权力承担着大学的公共责任,同时又按照科层制进行大学管理,而大学的生存与发展离不开政治合法和资源供给,因此,大学行政权力的合法性必须从公共责任、科层制、政治合法和资源依赖四个方面建立自己的基础。大学行政权力在构建合法性基础的过程中,一定不能离开大学这个“语境”。如果行政权力以行使公共责任为名逾越了大学的知识本质,侵犯了学术的基本领地,意图成为大学这个“学术一行政共同体”中“大学意志”和“学术意志”的执行者；如果行政权力过分追求科层管理,无视大学这个松散联合的组织管理本身的不确定性、管理目标的分散性、权力结构的多元性以及行政权力本身的私人性和内部监督；如果行政权力只是坚持高等教育的政治论哲学,把大学的政治合法作为首要目标和重要追求；如果行政权力在大学正常运行所需的物质资源和学科发展所需的学术资源的分配中扮演“关键角色”,起着不可替代的重要作用,那么大学行政权力在行使过程中必然遭遇文化认同、组织认同和程序认同危机。权力的合法性基础并不意味着权力的合法行使。分析清末、民国、国民政府和新中国建立以来四个历史时期大学所处环境下的制度依据、制度依据下的组织结构和组织结构中的权力关系就可以发现,由于中国大学存在着政府权力主导、实用功利取向、自治传统缺乏和制度环境落后等不利因素导致中国大学行政权力过度强化、科层制的功能失调、政治合法过度突出、资源分配过度依赖政府等合法性基础的坍塌,从而导致行政权力合法行使面临着危机。面对危机,一方面要客观承认大学行政权力在大学中的合理存在,同时在大学公法人改造的同时,也要认清科层制在大学管理中的异质性,进而做到实质合法和形式合法的统一。面对政府与大学权力分配失衡以及行政权力和学术权力博弈失衡的现状,一方面要通过法律保证大学自主权的落实来保持大学与政府权力分配的平衡,另一方面要客观认识学术权力与行政权力彼此利用对方优势再造自身合法性的实践以及学术权力从学术转移到权力、从追求真理转向追求利益的纠偏中与行政权力形成张力平衡。