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西伯利亚杏具有很好的应用价值和开发前景，但因花期晚霜及高比例的无效花严重影响着其产品——苦杏仁的丰产和稳产性。因此，选出能够避免晚霜冻害的优良晚花单株变得尤为重要。本研究利用微卫星标记SSR(Simple Sequence Repeat Polymorphism)，研究了西伯利亚杏早晚花群体的遗传多样性及遗传分化。 (1)共利用28个微卫星引物对内蒙古西伯利亚杏资源圃内选择的早花23个体和晚花30个体进行了遗传多样性分析，共扩增出217个位点，其中多态性位点215个。 (2)早花群体等位基因数Na为1.9263，有效等位基因数Ne为1.3363，多态性位点数为92.63%%，Neis基因多样性指数H为0.2186， Shannon多样性指数I为0.3530。晚花群体依次Na为1.9447，Ne为1.3320，PPB%为94.47%%，H为0.2161， I为0.3492。 比较早晚花群体的遗传多样性，晚花群体的多态性位点指数(PPB%)和观察到的等位基因数Na要高于早花群体。而早花群体的其它遗传多样性指数(如有效等位基因数Ne、Neis基因多样性指H、Shannon多样性指数I等)要高于晚花群体，但是差异小。 (3)早晚花群体间的遗传分化系数Gst为0.0270，表明总遗传变异的2.7%存在于群体间，97.3%存在于群体内；分子方差分析(AMOVA)结果显示，群体间遗传变异是5%，群体内的变异为95%。早晚花群体间的基因流Nm为17.9877，群体间有很强的基因流。 (4)用NTSYS聚类软件对早晚花个体进行聚类，在相似系数0.70处聚成了晚花类、早花类和扎鲁特3类；用GenAlEx软件进行的主成分分析，也得到了完全一致的结果，即聚成了晚花类、早花类和扎鲁特3类。