目的分别比较骨肉瘤与正常骨组织、骨肉瘤与良性骨肿瘤差异蛋白质,为探讨骨肉瘤的恶性本质、转移机制、治疗靶点等奠定基础；为对骨肉瘤的诊断、治疗、预后的判断等提供依据。方法应用RIPA裂解液分别对5例骨肉瘤标本、5例正常骨组织标本、5例良性骨肿瘤标本提取总蛋白,2D clean-up kit试剂对蛋白纯化后进行双向凝胶电泳,银染扫描后用Im2ageMaster2DE软件分析寻找差异蛋白,切除差异蛋白质点进行MALDI TOF/TOF质谱鉴定,获取肽质指纹图谱并查询NCBI数据库寻找匹配蛋白质。结果获得重复性较好的双向电泳银染图谱,骨肉瘤组织蛋白质点数约为1296±179,骨良性肿瘤组织蛋白质点数约为1098±152,正常骨组织蛋白质点数约为1108±162。找到骨肉瘤组织与骨良性肿瘤组织明显差异的蛋白质点38个,并成功鉴定出12个,分别为：醛酮还原酶,热休克蛋白60,α1-抗胰蛋白酶,结合珠蛋白,甲状腺素的共价二聚体,膜联蛋白A5,亚硝基人血红蛋白A,肌钙蛋白T,RhoGDI蛋白,主要组织相容性抗原,磷酸化应激诱导蛋白,锚定蛋白；而找出骨肉瘤组织与正常骨组织明显差异的蛋白质点25个,其中10个被成功鉴定,分别为：谷胱甘肽转移酶、RhoGDI蛋白质、锌指蛋白、甲状腺激素、醛酮还原酶、Ras相关核蛋白；降低的为假像蛋白、纤维蛋白原、α-2血红蛋白、核苷二磷酸激酶。结论骨肉瘤与正常骨组织、良性骨肿瘤在蛋白质组学方面存在明显差异,这些差异蛋白质可能成为诊断骨肉瘤的分子标记物及治疗靶点,为进一步对骨肉瘤的研究提供理论依据。