为探索牦牛MC1R基因多态性的相关信息，选取甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛、大通牦牛4个品种共408头个体为研究对象，采用PCR-SSCP方法分析牦牛MC1R基因部分序列的基因多态性。结果表明：与GenBank中牛MCIR基因序列(登录号: AF445641.1)比对发现：牦牛MC1R基因有6个SNP，分别是3589处C/A、624处T/C、3804处A/C、3891处C/G、3912处C/T、3120处G/A的替换。P2片段产生了三个基因型：AA、BB和AB，四中牦牛的优势基因型都是AA；P3片段产生了6个基因型：CC、DD、EE、CD、CE和DE，四个牦牛品种中CD、CE和DE三种基因型在青海高原牦牛和大通牦牛中占主要优势，这三种基因型频率总和在青海高原牦牛和大通牦牛群体中分别是0.778和0.781。DD和CD两基因型是甘南牦牛群里中的优势基因型，其基因型频率分别是0.351和0.328。天祝白牦牛中优势基因型是DD，其基因型频率是0.500。P4片段产生了3个基因型:FF、GG和FG，四种牦牛品种的优势基因型都是FG，其中天祝白牦牛FG基因型频率达到了1.000，青海高原牦牛、甘南牦牛和大通牦牛的FG基因型频率分别是0.833、0.586和0.745。P2片段中四种牦牛MC1R基因的多态信息含量（PIC）都处于中度多态（0.25<PIC<0.5）；P3片段中青海高原牦牛和大通牦牛的多态信息含量（PIC）处于高度多态（PIC>0.5），甘南牦牛和天祝白牦牛的多态信息含量（PIC）处于中度多态（0.25<PIC<0.5）； P4片段四种牦牛多态信息含量（PIC）都处于中度多态（0.25<PIC<0.5）。