百合（Lilium）是世界主要切花品种之一，在国际切花生产中占有重要地位。种质资源丰富，栽培历史悠久，花型丰富、花色艳丽，栽培广泛，可用于切花装饰、庭院绿化，而且百合的鳞茎还具有食用和药用价值。本研究通过常规杂交育种得出的杂交苗，经过田间统计，筛选出花色、花型特别的7个杂交组合F1代的162份材料，并对其行简单重复序列间标记（ISSR，Inter-simplesequence repeat）通过杂种基因组扩增标记结果计算亲本与后代的遗传相似系数、多态性位点比例，以期说明子代与亲本的遗传相似性，合理判断杂交的真实性。并对杂交F1代材料在开花期进行了14个形态性状指标的测定，通过方差分析、相关性、主成份分析等方法对14个形态指标进行分析，旨在筛选出优异杂交后代材料。主要研究结果如下：（1）经过田间管理，筛选出7个杂交组合后代花色特别的新品系，其中，A₆×A₅号组合中选择出多个优株，其中有花被颜色为桃红色，金黄色的脉系列，还有花被颜色为金黄色，浅桃红色镶边系列，另一个系列花被颜色为黄色，深桃红色镶边。（2）对7个百合亲本及杂交F1代的155份材料进行亲缘关系研究，从99条引物中筛选出7条能扩增出清晰带型且多态性好的引物，共扩增出分子量在100-2000bp之间的DNA片段254条，其中多态性的条带数为171，多态率为67.32%。平均每个引物扩增24.43条DNA片段。其中扩增的多态性位点比例差异明显，最大值为0.85，最小值为0.33，其他引物在杂交组合中扩增位点比例接近，在0.5-0.8之间。（3）在A₃×A₄杂交组合中，通过聚类分析，在阈值0.49处，可将供试材料分为两大类，第一类包括2份供试材料，第二类包含20份供试材料，其父本包含在此类中，后代中的22个单株，9号单株与母本遗传相似系数最近，最近值为0.7000，表现明显倾向母本的遗传特性，其余19个单株与父本近缘，最大遗传相似系数为0.6666左右，总体先倾向母本后倾向于父本。（4）对杂交F1代与亲本各性状的遗传差异性分析以及F1代的主要性状的相关分析和主成分分析。其中，F1代在株高、鳞茎周长、叶长、叶宽、内轮花被片长、花药长、花药宽、花丝长、花柱长、花蕾数与双亲达1%水平极显著差异；F1花冠直径与母本达5%水平显著性差异，与父本达1%水平极显著性差异；F1内轮花被片宽与母本达1%水平极显著差异，与父本达5%水平显著性差异；外轮花被片的长与宽在F1代与亲本之间差异不显著，整体呈现较大的杂交优势。