在物种进化过程中,棉属祖先经历了多次加倍事件,形成了棉属物种特有的复杂基因组,使得人们认知棉属物种基因组更加困难,多个棉花基因组测序工作的先后完成,使人们从基因组水平上认知棉属已成为可能。但大部分棉花基因组数据库是由国外建立并维护的,并且远不如水稻、玉米等物种的生物数据平台成熟,因此,建立一个专属于棉花的基因组学信息管理平台势在必行。论文分析了序列比对、启动子和转录因子预测、染色体定位图生成、系统进化树构建和蛋白质互作网络图生成等生物信息技术。其中,家族基因同源进化图生成方法是本研究的重点之一。根据物种染色体长度和基因物理位置信息绘制基因染色体定位图,结合三阶贝塞尔曲线算法,根据候选基因Ks值进行同源基因连线,将基因家族同源性直观、形象地展示出来,揭示基因间相似性及进化机制。经过试验验证,生成的家族基因同源进化图是一种实用的基因家族分析工具,适用于全基因组水平基因家族分布及进化分析。论文进行了系统的功能需求分析,并完成了棉花基因组学信息管理平台的设计。其主要功能模块包括登录,序列分析,下游分析,基因家族分析和文件管理。登录模块包括新用户注册和用户登录;序列分析模块分为序列检索和BLAST序列比对;下游分析模块包括转录因子预测、染色体定位图生成、系统进化树构建、家族基因同源进化图和蛋白质互作网络图的生成等功能;基因家族分析模块为独立的基因家族分析功能;文件管理模块包括文件上传和文件删除。平台采用服务器的B/S模式系统架构,基于SSM框架,使用Java、python和perl多种语言开发了棉花基因组学信息管理平台。经过测试,用户能够正常访问棉花基因组学信息管理平台,可以根据用户需求选择本平台的分析工具。本研究建立的棉花基因组学信息管理平台,向用户提供棉花基因组学分析工具,使得用户能够从大量序列信息中获得基因结构、功能和进化等信息,帮助使用者理解数据中蕴含的生物学含义,为棉花基因组学及棉花抗病育种研究提供新的分析工具。