我国资本巿场逐渐进入全流通的时代，中小股东的利益保护也被提高到一个新的高度，但是，即使完成了股改，我国上市公司大股东侵害中小股东利益的事件仍常有发生，这表明我国上市公司中小股东利益保护制度仍存在较大缺陷。而资本结构作为公司治理结构的基础，对公司的组织结构和经营行为都具有重要的影响。本文从广义的资本结构（股权结构和债权结构）出发，探寻上市公司中小股东利益保护的有效机制。首先，本文在回顾和总结国内外对中小股东利益保护研究的相关成果的基础上，阐述了关于投资者保护的相关理论，并进一步论述了股权分置改革后，我国上市公司中小股东利益保护仍然存在的股权结构不合理、债券结构不合理等问题。客观评价我国上市公司中小股东利益保护是定量研究中小股东保护经济后果的基础，本文总结出我国中小股东保护涵盖信息披露、股东回报、公司价值、潜在侵占、内部治理及公司诚信六个方面，并用变异系数法计算出这六个指标或其下的二级指标的权重，再加权平均算出中小股东利益保护指数。其次，是相关性分析的部分。本文分析了资本结构与中小股东利益保护之间的关系，通过对2010年到2012年三年的数据进行相关性研究，得出股权集中度，股权制衡度、第一大股东性质、机构投资者持股比例及资产负债率对中小股东利益保护的影响。最后是结论及政策建议部分，先由相关性分析得出结论，在结论的基础上，从优化股权比例配置、大力发展机构投资者、强化债务融资硬约束对上市公司的约束机制、独立董事有效化、加大上市公司信息披露制度的执行力度及完善与投资者保护相关的法律法规等方面提出建议，以构建合理的中小股东保护制度。