近年来我国企业的创新意识和创新能力有了大幅提高,企业研发投入强度和传统研发强国的差距在慢慢缩小,专利申请数量位于世界前列,诞生了华为、京东方等一批明星创新企业。我国研发创新能力的提升离不开研发税收优惠政策的积极引导。作为我国研发税收优惠政策的重要组成部分,研发费用加计扣除政策自1996年面世以来,已在我国施行了二十余年的时间。在这期间,研发费用加计扣除政策覆盖面不断扩大,优惠力度有所提升,已有较多文献证明了该政策对企业研发活动的激励作用。但目前相关研究大多聚焦于该政策对企业研发投入的影响,而从企业研发产出层面研究该政策激励效果的文献还相对较少。本文基于企业异质性的角度,系统地研究在不同规模、行业、产权性质以及地区的企业中,研发费用加计扣除政策对企业研发产出的激励效果。在研究方法上,本文采用理论与实证相结合的方式。在理论分析中,本文梳理了政策的演变过程以及国际上考虑异质性因素的研发税收扣除和抵免相关的政策,并进一步分析了加计扣除政策对企业研发产出产生激励效果的作用机理以及异质性因素对这种激励效果产生影响的理论支撑。在实证分析中,本文针对不同的异质性因素,采取不同的研究方法:对产权性质、所属行业以及地区等分组特征比较明显的异质性因素,本文采用分组回归的方式进行比较研究;对企业规模这样的连续值,本文采用门槛模型对其进行异质性分析。通过研究,本文发现研发费用加计扣除政策会对企业的研发产出产生显著的正向激励效果。并且,企业的异质性会对该政策的激励效果产生不同的影响:加计扣除政策对大规模企业研发产出的激励程度高于小规模企业,这可能是因为大规模企业既有的研发水平较高,在研发产出层面更具优势;加计扣除政策对非国有企业研发产出的激励效果强于国有企业,这可能是由于非国有企业融资难度大于国有企业,对研发成本减少的敏感度高,与研发活动相关的企业机制更为灵活高效;加计扣除政策对研发产出的激励效果在高技术企业和低技术企业中并没有显著差异,这可能是因为即使高技术企业组整体研发需求大、研发节奏快,但其适用15%优惠税率的企业比例较高,而加计扣除政策的优惠力度受到企业适用税率的影响;加计扣除政策在东北地区对企业的研发产出没有产生显著的激励效果,而在其它三个地区产生了显著的激励效果,这可能是由于东北地区产业结构以重工业为主,地区创新需求低。在理论分析和实证研究的基础上,本文分别对加计扣除政策的政策设计和执行提出建议。在政策设计上,适当增加政策的灵活度,可以提高小规模企业、民营企业等的加计扣除比例,对盈利能力较差的小规模企业可以采用延长抵免期限等特殊优惠。并且,在税基设计上加入一定的体现企业研发产出水平的指标,使政策在研发产出层面的激励效果得到更大程度的发挥。此外,加计扣除政策作为研发税收优惠政策的一部分,在政策设计时要考虑其它研发税收优惠政策的影响,使各项研发税收优惠政策的整体激励效果不偏离原来的设计意图。在政策执行上,相关部门要给小规模企业等税务管理水平较弱的企业提供相应的政策执行支持,并通过政策宣传来提高该类企业对政策的了解和理解度;研发活动的开展需要其他相关政策的配合,政府除了提供税收上的优惠之外,还要促进企业融资相关政策和国有企业产权制度的完善,推进东北地区的产业转型,为企业提供更好的研发创新环境。