《国家赔偿法》将国家赔偿程序分为行政赔偿程序和刑事赔偿程序，“司法赔偿”是学者们对刑事赔偿，民事诉讼及行政诉讼中国家赔偿的理论概括。在最高人民法院以“规定”和“解释”形式明确提出“非刑事司法赔偿”和“司法赔偿”之后，“司法赔偿”就成了国家赔偿上的法律术语。依《国家赔偿法》规定，人民法院在民事诉讼和行政诉讼过程中违法采取强制措施造成损害的，也适用刑事赔偿程序。所以，国家赔偿程序实际上分两种：司法赔偿程序和行政赔偿程序。司法赔偿程序是指国家对因司法机关及其工作人员在刑事诉讼，民事诉讼及行政诉讼过程中不法侵犯公民和组织的合法权益而受到损害的当事人给予赔偿的方式、方法和步骤。司法赔偿程序具有以下特点：(1)违法确认是启动司法赔偿程序的“通行证”，由赔偿义务机关自行确认，确认与先行处理分离；(2)实行赔偿义务机关先行处理原则，且先行处理是必经程序；(3)设置了复议程序，复议程序是必经程序，但复议决定不具有终局效力；(4)由法院内部的赔偿委员会审理并终局解决司法赔偿纠纷：(5)赔偿决定(或赔偿协议)生效后，由赔偿义务机关负责执行，赔偿申请人无权申请法院强制执行；(6)赔偿义务机关先行垫付赔偿金后，应该对责任人进行追偿。我国的司法赔偿制度经过十几年的检验，暴露出诸多问题：(1)确认阻碍了许多赔偿申请人进入司法赔偿程序，确认与先行处理分离，只会使程序繁琐，增加申请人获赔的难度；(2)赔偿义务机关的先行处理再次为赔偿申请人设置了障碍，同时为“程序外赔偿”创造了条件；(3)复议程序难以解决问题，只会造成申请人时间上的浪费和精神上的折磨；(4)决定程序中赔偿委员会的设置及审理方式不符合现代司法理念；(5)赔偿决定执行难问题突出；(6)追偿程序规定过于简单，可操作性不强。针对司法赔偿程序中存在的上述弊端，本文提出了如下对策：(1)把确认程序和先行处理程序合并，使赔偿程序简化的同时，也降低了赔偿申请人获得赔偿的难度；(2)使先行处理程序成为赔偿申请人可以选择的一种途径；(3)对先行处理中的协议程序做出具体规定；(4)取消申诉制度和复议制度；(5)重新设计国家赔偿委员会；(6)改侵权机关先行垫付为专门部门直接赔偿；(7)对追偿时效做出规定；(8)对追偿的性质和具体程序做出规定；(9)对被追偿人享有的程序权利和救济途径做出规定；(10)完善追偿监督制度。