2008年开始，政府反复强调的保障房建议已将不再是市场的微弱补充，而是凸显其用意保障中低收入群体居住的功能。其中最明显的信号就是，保障房的规模和覆盖范围的扩大。商品房市场和保障房建设的双轨齐头并进，相得益彰，标志着双轨制时代开始的到来。在双轨制体制下，保障房与商品房本质是互补关系，两者共同组成了住房市场。在双轨制大背景下，保障住房以更快的速度建设，势必会影响到商品房市场的发展，但就保障房建设和商品房市场之间存在何种关系，国内外学者说法不一。因此保障房如何影响商品房市场，商品房又如何反馈保障房等问题成为当前的研究焦点。　　文章旨在研究双轨制建设过程中保障房与商品房之间的相互影响。保障房与商品房互动机制涉及城市人口，城市经济，城市土地等外部因素，本文采用系统动力学方法，将保障房供给需求，商品房供给需求与上述外部因素加入系统中，建立南昌市住房系统仿真模型，从双轨制“真正”开始的年份2008年至2012年的住房历史数据作支撑运行模型，并预测2013年至2020年的保障房和商品房发展趋势。最后模拟保障房与商品房互相影响实验，得出保障房建设和商品房市场之间的关系机理，最后提出对商品房和保障房的调整政策建议，以期商品房和保障房能在双轨制背景下更加健康的发展。本文总共分为五章，其中第一章和第二章为基础章节，介绍研究背景意义和相关概念和理论；第三章第四章是文章的核心章节，建立南昌市住房系统并仿真预测，并利用模型模拟南昌市保障房建设和商品房市场互动机制实验；第五章为结论与展望，总结全文研究成果及对未来的期望。