莲（Nelumbo nucifera）又称“芙蕖”、“凌波仙子”,以其各异多姿的花型和丰富的花色而具有极高观赏性。类黄酮类化合物是大多数物种呈色的主要影响色素。已有学者对红色莲花的花色形成原因进行过较深入的探讨,而黄色莲花的花色形成原因却一直未能给出明确的指导方向。本研究拟通过对黄白两种花色的莲进行类黄酮代谢途径中的差异代谢物及相关差异基因的对比分析,阐述黄白两种花色在类黄酮代谢途径上的差异原因。本研究主要获得了以下结果。1.研究对‘秣陵秋色’（黄色）和‘夜光杯’（白色）两个品种进行了花色分析,利用英国皇家园艺学会色卡（the Royal Horticultural Society Color Chart,RHSCC）比对发现,‘秣陵秋色’属于比色卡Light greenish yellow C组,‘夜光杯’属于Greenish white C组;进一步进行色差仪测定发现,黄度b*在两个品种间的差异较大。2.色素的定性实验中发现黄色品种‘秣陵秋色’中含有类胡萝卜素和呈现黄色的类黄酮色素;而白色品种中几乎不含类胡萝卜素,并且显示黄色的类黄酮色素含量很低或不存在;黄白两个品种均含有黄酮醇。3.采用高效气相色谱质谱法（GC-MS）测定两个品种中的初生代谢物,鉴定到了57种初生代谢物质,总共鉴定到了16种糖醇,25种有机酸,11种氨基酸,5种脂肪酸。通过对糖和氨基酸的代谢模式分析,发现S3-S5是白色品种代谢相对活跃的时期,而S3和S5是‘秣陵秋色’代谢相对活跃的时期。利用LC-MS高效液相色谱法（High Performance Liquid Chromatography,HPLC）进行次生代谢分析鉴定,发现了81种次生代谢物。这些代谢物主要为类黄酮代谢产物,其中黄酮醇是种类最丰富的代谢物,其次为原花青素。4.采用高效液相色谱质谱法（HPLC-MS）对次生代谢物进行定量分析发现,山奈酚衍生物是‘夜光杯’（白色）中最丰富的黄酮醇,而槲皮素和异鼠李素在‘秣陵秋色’（黄色）中的含量远高于‘夜光杯’（白色）。5.对两个品种的五个时期的样品进行了高通量转录组Illumina测序,发现S3和S5时期是两个品种差异基因数目最多的时期,而S1时期是两个品种间差异基因数目最少的时期。对两个品种的差异显著基因进行分析,发现了12个重要的类黄酮代谢结构基因,5个可能的类黄酮代谢途径的调控因子。通过相关性分析发现,NNU＿07402（F3’H）、NNU＿17055（OMT）分别与山奈酚和槲皮素成负相关;NNU＿07402（F3’H）的高表达可能导致山奈酚的含量降低。