我国是农业大国,作为农业最基本的生产资料,种业是关系国计民生的国家战略性,基础性的核心产业,对经济发展和国家粮食安全具有重大意义。种子企业是种业发展的主体。十三个中央一号文件持续关注农业,提出农业持续稳定发展的根本出路在于创新,要加快提升种业的自主创新能力,强化企业的育种创新主体地位,培育具有国际竞争力的现代种子企业。随着知识经济的发展,技术创新能力日益成为决定企业乃至国家经济竞争力的关键因素,研发是企业创新的主要来源,是形成企业核心竞争力最重要的动力和源泉,是种子企业不断发展壮大的基础。我国有经营许可证的种子企业共有5000多家,但具有研发能力的企业却只有100家左右。种子企业规模小,研发积极性不高,且有研发活动的企业的研发投入强度整体较低,研发现状不容乐观,影响种子企业研发投入意愿和投入强度的因素究竟有哪些?基于上述背景,国内外研究和企业研发的相关理论,本文通过调查问卷,走访调查等方式获得样本数据,对我国种子企业研发投入的现状进行统计分析。利用获取的172家样本企业的研发投入意愿相关数据,运用二元Logistic模型对我国种子企业研发投入意愿的影响因素进行了实证分析;利用获取的91家有研发活动的样本企业的研发投入强度相关数据,运用多元线性回归模型,对我国种子企业研发投入强度的影响因素进行了实证分析。本研究得出以下结论:企业规模,政府补贴,员工素质程度,植物新品种保护,出口导向,税收优惠,所有制性质对种子企业的研发投入意愿均为正向影响;销售收入,企业规模,税收优惠政策,植物新品种保护因素,员工素质程度,区域因素对种子企业的研发投入强度均为正向影响;而企业所有制性质对其为负向影响。基于我国种子企业研发投入现状的统计分析结果和实证分析结论,提出有效提升企业研发积极性和提高研发投入强度的对策建议,主要有加强联盟合作扩大企业规模,培育种业旗舰,并充分发挥大规模企业在研发中的主体地位;扩大企业销售规模,保障研发投入的持续性;重视人力资源投入,完善激励机制;合理利用东部区位优势,并鼓励企业进行合作创新;鼓励种子企业走出去,参与全球化竞争;完善政府补贴政策,强化税收优惠政策;加强植物新品种保护,切实落实到企业层面。