孤独症全基因组CNV分析与一例携带15q11.2-q13微重复患者的研究

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背景:孤独症是一种严重的儿童精神疾病,通常起病于3岁之前,其发病率约为0.3‰~1‰,男女患病比率为4:1,主要临床表现为不同程度的社会交往能力缺陷、语言交流技巧障碍、重复刻板的动作和兴趣狭窄等。孤独症遗传度较高,属复杂性疾病。细胞遗传学研究显示染色体的异常率较高;经大样本、同胞对以及核心家系的研究已经发现了很多与孤独症相关的位点,克隆了多个易感基因,但其病因至今未明,近两年的研究显示拷贝数变异可能与孤独症相关。目的:分析中国汉族人群孤独症患者的DNA拷贝数差异,寻找与孤独症相关的位点。方法:收集中国汉族人群32例孤独症患者,采用HumanCNV370-Duo芯片进行拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)的基因分型研究,芯片扫描的结果用BeadStudio软件进行分析。对一例有较大染色体重复区域的患者用染色体G-显带、N-显带技术进行检测。根据所需的目的基因片段在BAC文库中筛选所需的BAC克隆,用荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)进行验证。结果:通过BeadStudio 3.3.7软件分析芯片的数据,所有样本的基因分型成功率(Call Rate)均在99%以上,最高达到了99.8%。用cnvPartition v1.2.1软件进行全基因组CNVs分析,发现了227个CNVs,其中1例孤独症患者在15号染色体长臂近着丝粒区的15q11.2-q13区间存在8Mb重复的变异。经染色体G-显带技术、N-显带技术证实该患者核型为47,XY,+mar,FISH技术进一步证实上述发现。结论:1.通过CNV分析,在32例孤独症患者中发现了227个CNVs,其中226个被Database of Genomic Variants(DGV)数据库收录,可能是多态,另外1个位于15q11.2-q13区间的8Mb微重复的CNV可能与孤独症相关。2.染色体G-显带、N-显带技术显示携带该CNV的患者核型是47,XY+mar。FISH证实多出的标记染色体来源于15q11.2-q13区间。
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