丰富的自然资源和脆弱的生态环境是新疆的两个基本现状,随着“西部大开发”和“对口援疆”政策的实施,新疆对于化石能源和矿产资源的开发利用不断增多,随着而来的是各种各样的环境问题。构建一个合理的生态效率评价指标体系,能够有效的对新疆历年的发展过程进行评价,并对新疆的未来发展提供建议。本文首先对各种生态效率评价的方法进行了对比分析,确定了SBM模型作为新疆生态效率研究的主要模型方法,之后本文对利用DEA模型进行生态效率评价的相关文献的投入产出指标进行了分析,发现传统的投入产出指标选择方式存在忽略免费资源投入、资源的定价没有考虑从资源形成过程出发等问题,能值理论从资源的形成过程出发,能够对所有的自然资源进行统一的价值度量,因此本文结合了能值理论来构建SBM模型的投入和产出指标。结合新疆的发展现状和能值理论,选取了可更新资源利用量、不可更新资源利用量和外界输入资源利用量作为SBM模型的输入,实际GDP作为期望产出,三废排放量作为非期望产出构建了新疆生态效率计算模型。在计算过程中,本文首先对新疆2000年到2014年的能值投入产出结构进行了分析,之后对这期间新疆的生态效率进行了分析。研究结果显示,新疆发展过程的主要能值投入由不可更新资源转换为不可更新资源和外界输入资源,两者的增长导致新疆从一个健康的生态经济系统逐渐转变成一个可持续性差的生态经济系统。总的来说,新疆的生态效率多年来一直处于非常好的状态,并且新疆走了一条“先规模有效,再技术有效”的发展道路,外界输入新疆的能值的冗余和“三废”排放过量是新疆生态效率无效的主要原因。