猪源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA）是目前全球公共卫生问题关注的焦点,它作为人畜共患病原菌给养殖产业及食品安全造成了一定的隐患。2012年至2017年课题组从广东省某养殖场、屠宰场及市场共分离获得75株MRSA菌株。为研究多重耐药猪源MRSA菌株耐药基因和毒力基因的携带情况及菌株基因组遗传变异模式等问题,本课题从中选取多重耐药猪源MRSA主要流行克隆ST9型菌株HP以及报道较少的ST239和ST1516型菌株M48和M51为研究对象,并结合NCBI数据库中与其相似度高于90%的86株金葡菌的全基因组信息进行比较基因组学分析,从而得到菌株潜在致病性、进化关系、基因组差异及进化策略。结果如下:1、菌株HP、M48和M51的基因组长度分别为2,850,509bp、3,050,015bp、2,786,527bp;GC含量均为32.8%;开放阅读框总数分别为2,663、2,894和2,642,仅在菌株HP与M48中识别到多糖裂解酶。2、根据系统发育树结果可知14种ST型别、来自12个不同的国家和地区的36株菌株聚集于分支Ⅰ;14种ST型别、来自13个不同的国家和地区的53株菌株聚集于分支Ⅱ。菌株分布较为广泛,未表现出较为明显的区域相关性。hlg A、hlg B、map、fnb B等毒力基因和gyr A、gyr B等耐药基因广泛存在于人源菌株和猪源菌株中,而ant（1）-Ia、aph（1’）-IIIa、erm A、erm C等耐药基因和isd D、luk F-PV、luk S-PV等毒力基因多存在于人源菌株中。tet M基因仅存在于17株人源菌株,其中14株为MRSA菌株。3、综合单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphisms,SNP）和多位点序列分型（Multilocus sequence typing,MLST）聚类结果发现,HP与来自中国的三株ST9猪源菌株、菌株M48与来自中国的、韩国和加拿大的ST239型人源菌株、菌株M51和美国的三株ST8人源菌株分别具有较近的亲缘关系。使用环形图像生成软件BRIG（Blast Ring Image Generator）分析,显示该三株菌株与其它菌株在SCCmec元件区域、基因岛和原噬菌体具有明显结构差异。多基因组比对软件Mauve分析则显示了包括易位、倒置在内的基因重排现象。泛基因组分析表明菌株HP、M48和M51特有基因含量分别为10.9%、16.3%和13.4%,其中在菌株HP和M48的独有基因中复制和修复类别分别达到60%和70%。4、三株菌株共识别到46个不同的耐药基因和72个不同的毒力基因,在菌株M48中出现了T7SS系统esa C和esx B基因的丢失现象。基因岛HPGI1,HPGI2,M48GI2和M51GI1中均含有包括IS256在内的多个插入元件,且IS256插入元件的下游存在至少一种氨基糖苷类耐药基因如aph（2’’）-Ia、aac（6’）/aph（2’’）、aph（3’）-IIIa和ant（6）。此外,三株菌株虽然都携带CRISPR系统,但是都缺少cas基因。