银行业是金融系统的重要组成部分,其健康发展关系到整个金融行业的稳定。商业银行作为资金的融通者,其效率的高低能够反映银行对金融资源的利用水平。上市银行是商业银行的重要组成部分,资产总额以及净利润总和占据整个银行业的半壁江山,上市商业银行的整体效率基本上能够反映我国商业银行的经营状况。近年来我国银行业面临国内外的各种挑战,研究上市商业银行的效率问题并分析导致银行效率差异的主要因素,对于提高上市银行的整体效率,增强商业银行的综合竞争力并促进我国银行业的健康发展具有重要意义。本文在借鉴国内外学者关于银行效率研究成果的基础上,选择数据包络方法(DEA方法)中的Malmquist指数模型对我国16家上市商业银行2007-2012年的效率进行动态研究,并从总体、产权结构、个体三个角度考察我国上市商业银行效率的动态变动情况,并在此基础上分析导致上市商业银行的效率差异的主要因素,为促进我国银行业的健康发展提供科学的政策建议。实证结论表明：从总体上看,我国上市商业银行整体的全要素生产率(Malmquist指数)大于1,上市银行在样本期间的整体效率呈现不断改进的趋势,但改进幅度不大；从产权结构角度看,我国股份制商业银行和城市商业银行的效率值高于大型商业银行,大型商业银行效率值偏低是导致我国上市商业银行整体效率值改进幅度不大的主要原因；从个体角度分析,我国16家上市银行中有8家商业银行的效率得到改进；产权制度、创新能力、经营管理能力、规模效率的高低是造成上市商业银行效率差异的主要因素。商业银行可以通过深化产权制度改革、提高金融创新能力、提升经营管理能力和适度发展银行规模等措施提高银行的效率水平。