鄱阳湖的水环境效应在全球影响深远,维护鄱阳湖的生态系统平衡尤为重要。微生物是水生态系统内物质循环的主要驱动者,影响和调节着水体的环境质量。鄱阳湖河湖交错带作为重要的污染净化区和缓冲区,拥有更加丰富的微生物多样性。本课题通过研究2016年干、湿两季鄱阳湖河湖交错带表层水体的水质理化指标、微生物多样性指数和微生物群落组成结构,得出以下结论:(1)鄱阳湖河湖交错带表层水体的理化性质在干、湿季存在一定的空间差异和时间差异,整体来看时间差异大于空间差异。人类活动频繁的区域总氮和总磷含量均较高,表明人类活动对鄱阳湖河湖交错带表层水体水质的影响较为明显。(2)通过高通量测序数据分析,2016年湿季的11个样点测定出333,794条有效序列,得到5,796个OTU,共检测出34门、74纲、154目、254科、413属和678种;2016年干季的13个样点测定共出469,181条有效序列,得到9,959个OTU,共检测出44门、101纲、193目、348目、651科和1107属。(3)鄱阳湖河湖交错带干、湿两季均在门分类上以变形菌门占绝对优势,在纲分类上均以放线菌纲和β-变形菌纲为优势类群,表现出的空间分布差异在时间变化上更为明显。在属分类水平上,都以放线菌门下的hgcI_clade占据绝对优势,但在干季中的比重有明显减少。(4)对所测的环境因子和微生物群落组成结构进行冗余分析,发现大部分优势菌门与环境因子之间的解释量较好,两者存在相应的正负相关性。说明鄱阳湖河湖交错带表层水体的理化指标与微生物群落结构呈现出的时空分布差异之间存在一定相关性。(5)鄱阳湖河湖交错带不同样点间的微生物群落结构存在较为密切的联系,但个别样点在空间表现上仍存在明显差异,且干季的空间差异明显要大于湿季。