近几年，随着我国经济的迅猛发展，伴随着房地产业的发展壮大，建筑业慢慢的已经成为国家经济的重要支柱产业，相应的建设工程施工合同纠纷也随之不断增加。经统计，宁波仲裁委员会在近10年的案件中，建设工程施工合同占了绝大部分。由于建设工程案件纠纷案件错综复杂、专业性强，涉及面广，因此建设工程案件已经成为仲裁案件中的疑难案件。本文通过对建设工程施工合同中常见的几块内容，即建设工程施工合同效力的认定及处理，阴阳合同的处理，以及工程结算三大块内容，以平时所处理的案件为基础，进行实证研究。全文共分三章，主要论述内容如下：第一章首先介绍无效建设施工工程合同的情形及相关启示，具体以案例的形式论述了被确认无效的建设工程施工合同的处理。第二章介绍对阴阳合同概念进行了辨析，并以《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条为中心，对阴阳合同的效力进行了辨析，并以宁波仲裁委员会所处理的案件作为实证。第三章以仲裁员和仲裁秘书的角度出发，对工程结算中容易出现的问题进行梳理探讨，对《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条的理解问题进行探讨，重点对工程司法鉴定过程中容易出现的问题进行分析。