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短花针茅(Stipa breviflora)系禾本科(Gramineae)针茅属(Stipa L.)多年生丛生型旱生草本植物,是暖温型荒漠草原的主要建群种之一。短花针茅在我国总体呈连续带状分布,一方面适合开展种群遗传多样性与遗传结构研究,丰富对草原植物遗传多样性的认知；另一方面,在实践中也有助于短花针茅草原的保护与合理利用。本研究采用SSR分子标记的方法,对分布在我国的短花针茅11个不同群体的遗传多样性、遗传结构及群体遗传分化等进行了分析,结果如下：(1)得到了短花针茅较稳定的SSR-PCR反应体系(25μL):100ng模板DNA1μL、2.0mmol/L的Mg2+ 2.5μL、100μmol/L dNTPs 2μL、2.0U Taq DNA聚合酶0.5μL、0.2μmol/L上下游引物各1μL,其余用ddH20补足。反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s,各引物的最佳退火温度退火30s,72℃延伸30s,共30个循环；最后72℃ 10min；4℃保存。利用最佳反应体系共筛选出7对短花针茅的SSR引物。(2)利用上述7对SSR引物,共检测到19个位点,平均每个位点有2.71个等位基因,变化范围为2-4个；11个群体的平均等位基因数为2.08,平均观测杂合度为0.35,平均期望杂合度为0.80,平均多态性信息含量为0.40,平均等位基因数为2.08,平均Shannon信息指数为0.56,平均基因流Nm为3.15；总体来看,短花针茅群体的遗传多样性较丰富,群体间的遗传分化较低,大部分群体间存在频繁的基因交流,很可能不存在由于遗传漂变而引起的遗传分化。(3)进一步分析表明,71.19%遗传变异发生在群体内部。不同群体的地理距离与遗传距离不具有显著地相关关系。利用不同方法进行聚类后发现,短花针茅所有个体可以划分为3个组,遗传变异主要来自于组内。可见,影响短花针茅种群遗传结构的主要因子为地理隔离。