本文关注当今我国科技界的热点话题——“科研绩效管理与评价”，以中国科学院上海分院绩效管理与评价为例，对科研人员、支撑人员、管理人员等不同岗位类型的绩效评价为主要研究对象，深入分析科研院所绩效管理与评价的应用模式和实践现状。结合中外科研院所、企事业科研院所、新老科研院所的对比，厘清当下科研院所绩效管理与评价存在的问题。在此基础上，综合案例分析情况，对绩效评价在体系优化设计和动态管理上进行有益探求，试图从组织管理绩效的角度为改善我国科研院所绩效管理与评价提出一定的学理依据和实践指导。本研究运用文献研究法、比较法、个案分析法、访谈法等方法，从综合评价的角度关注科研绩效管理，以目标管理、360度考核等理论为支撑，从科研院所具体操作和受众研究两个方面进行分析探索，系统地分析了综合评价体系在科研管理与评价中的作用和影响。经过研究发现，当前科研院所对科研绩效管理与评价存在着评价体制问题、指标设计切合实际不够、科研人员理解程度不够、评价激励和导向不够等问题。因此，绩效评价不仅停留在只反映结果的表象，而应更深层次的揭示造成此现状的原因，从而推动科研绩效管理与评价的发展和完善。此外，科研人员对科研评价体系期望值较高，评价的导向对绩效管理有一定影响，但同时受到其它因素（如：外部环境、资源文化、初始态度等）的制约，据此提出了具体的建议是要优化绩效考核指标体系、健全绩效评价过程管理、完善保障体系等。