转基因杂交大豆是抗草苷膦转基因大豆与非转基因大豆杂交而成的一种新品系转基因大豆,转入的外源基因明确,包含的外源基因元件为CaMV35S启动子和NOS终止子,导入的外源目的基因为CTP4-EPSPS基因,该基因对除草剂有耐受功能,不被除草剂杀死,农田试验验证了具有耐除草剂作用。本实验通过扩增CaMV35S的旁侧序列,采用定性PCR和定量PCR建立了转基因大豆的品系特异性检测技术,为我国转基因重大专项实施提供检测技术支撑。　　 本实验采用染色体步行和巢式PCR方法扩增出转基因大豆CaMV35S插入的边界序列,并根据边界序列设计品系特异性(event specific PCR)引物,建立了转基因大豆的品系特异性PCR方法;以CaMV35S/plant边界序列为靶序列,设计引物探针,建立了转基因大豆SYBR Green和Taqman探针定量检测系统,并采用SYBR Green法检测外源基因拷贝数。结果如下:　　 (1)采用染色体步行法获得了转基因大豆CaMV35S插入位点的左边界序列241bp,序列同源性分析,CaMV35S位置为181～241bp,前1～180bp为大豆基因组序列,将获得的大豆基因组序列同大豆基因组网站(Phytozome)数据库相比对,对转入的外源基因在染色体中的位置进行定位,结果表明35S旁侧序列位于2号染色体上:Gm02-7912905～7912740。　　 (2)根据获得的序列设计3对定性PCR引物,经过筛选和PCR条件优化,确定DD1-F/R为最佳引物对,扩增片段为244bp。灵敏度验证证明当转基因大豆含量为0.1％时仍能检测出特异性目的片段,结合特异性和重现性实验结果,证明该引物可以满足该转基因大豆品系的品系特异性检测。　　 (3)根据转基因大豆CaMV35S左边界序列,设计引物和探针,采用SYBRGreen和Taqman探针法对转基因大豆进行定量实验。实验结果证明SYBR Green的检测限为0.05％,Taqman探针的检测限为0.01％,灵敏度高于定性PCR。　　 (4)采用SYBR Green检测外源基因拷贝数,4份检测样品中,2个拷贝的为1份,3个拷贝的为3份。