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背景：甘蔗梢腐病是影响我国甘蔗生产的重要真菌性病害,病原是镰刀菌属。如何准确鉴定并快速的诊断甘蔗梢腐病对甘蔗的病害防控和种植管理有重要的意义。方法：于2012-2013年,通过从全国各大甘蔗产区(福建,广东,广西,海南和云南等)采集甘蔗病症叶片样品,总共分离鉴定病原菌株113株。基于核糖体DNA的非转录间隔区(rDNA-ITS)序列聚类分析和显微形态学观察,首次完成鉴定影响我国甘蔗梢腐病病原的多样性,主要为镰刀菌属(Fusarium)的两个类群gxl (F. verticillioides)及gx2 (F. proliferatum)组成。基于ITS的序列差异设计特异性鉴定甘蔗梢腐病病原种类的TaqMan PCR及常规PCR的方法。并以甘蔗梢腐病原Fusarium. sp和其他甘蔗真菌病原(Sporisorium scitamineum和Phoma sp.)及甘蔗内生真菌Acremonium sp.对其检测方法的特异性和灵敏性进行评价。结果：依据甘蔗梢腐病原的类型gx1 (F. verticillioides)及gx2 (F. proliferatum)的ITS序列差异设计TaqMan PCR及常规PCR特异性鉴定的探针和引物,成功鉴定甘蔗梢腐病原镰刀菌gx1和gx2类型。其中TaqMan PCR方法的灵敏性是常规PCR的1000倍以上。由于TaqMan PCR具高灵敏性及高特异性可运用于低浓度(10pg/ul)的真菌DNA摄入的检测及鉴定,TaqMan PCR的甘蔗梢腐病病原检测方法成功运用于田间甘蔗病害检测案例的实施。结论/意义：本研究确定两种镰刀菌种F. verticillioides和F. proliferatum,是目前中国甘蔗梢腐病流行的主要病原。并设计一种特异性TaqMan PCR检测方法研究这些病原体在中国甘蔗主产区的流行。这种方法将会广泛运用于甘蔗病害的基础研究工作及对甘蔗病害监测与管理。