在知识与信息为基础的知识经济时代,科技进步与科技创新越来越成为一国或地区保持经济可持续发展的决定性力量。科技经费投入作为科技创新、科技进步的重要支撑条件,已经得到了各国各地区政府的高度重视。在企业的自主创新意识不高、科技经费投入低的状况下,加强政府对研究与开发活动的引导,增加政府科技经费投入已经成为我国现阶段建设创新型国家的必要手段。特别是随着财税改革的实施,地方政府科技投入作为科技投入体系的重要部分已受到各地方政府的重视,地方政府科技经费支出已超越中央政府的科技经费支出。然而,在理论界对地方政府科技经费投入的研究还很少。为了提高地方政府科技经费投入在区域创新中的作用,有必要对其进行系统的分析。本文以建设创新型国家为背景,以有效激励科技自主创新为目标,以定性分析与定量分析相结合、理论分析与经验分析相结合的方法对地方政府科技经费投入的必要性、地方政府科技经费投入的结构与模式进行了详细的分析。为地方政府优化科技经费投入结构,完善科技经费投入模式提供理论基础；为中央政府提供一套有效的激励机制,从而使地方政府科技经费投入更加科学合理。本文主要包括三部分内容。第一部分：理论篇。首先,对地方政府科技经费投入的概念进行界定；其次,定性的分析了地方政府科技经费投入必要性；最后,通过对相关数理模型的阐述得出政府R&D投入以及R&D结构对社会创新的影响。第二部分：实证篇。首先,通过协整分析研究地方政府科技投入与自主创新的关系；其次,对地方政府科技经费投入的结构进行定量分析。分析地方政府科技经费在不同研发部门的分配,指出要加强地方政府对企业的诱导作用；地方属科研机构和高校要逐渐从应用研究与试验发展领域退出；分析地方政府科技经费在不同研发阶段的分配,通过各省市的对比,得到部分省市科技投入呈现“超前”状态；而部分地区则出于“滞后”状态。第三部分：运作篇。构建地方政府科技经费投入模式。该部分主要是地方政府科技经费投入的结构性问题的解决方案的核心。通过建立一个包括目标系统、信息系统、激励机制、监督和约束机制以及宏观管理的制度和方法的闭路系统,提高地方政府科技经费投入的效果。在激励与监督机制中,通过晋升模型分析了当前我国地方政府科技经费投入目标偏离的原因；建立了地方政府科技经费投入的协调机制。本文的主要工作是在分析了地方政府科技经费投入结构存在的问题的基础上,创新性的构造了地方政府科技经费投入宏观管理模式,并且提出了地方政府科技经费投入的激励机制和协调机制。