政府绩效考核作为体现政府职能以及行政效率的重要工具。传统的经济绩效评价标准“唯GDP论英雄”,这种评价体系无视不同地区资源环境承载能力、开发密度和开发潜力的差异性,片面强调经济发展指标的评价,其考核目标、考核指标和考核程序缺乏科学性和针对性。随着对生态环境关注的提高和生态文明建设发展的推进,地方政绩考核机制将政府生态建设、生态保护等方面的内容纳入考核的范畴,逐步探索完善以主题功能区为导向的差异化考核机制。在如此背景下,对实施差异化政绩考核制度的实践研究显得非常有意义。本文共分绪论、理论、国内情况阐述、自身演变实践、效应分析和优化路径等六个章节。文章以绩效管理理论、政府治理理论和“两山”理论为理论基础,选取浙江省淳安县为研究对象,通过文献研究法、案例分析法和实地访谈法,对淳安县2013年-2018年政府绩效考核体系变迁历程进行梳理,阐述其变化调整情况、效应分析、存在问题与原因,以及提出优化建议。本文针对现阶段淳安县差异化考核制度与体系,认为在取得一定成绩的同时,仍存在考核目标与时俱进性不够、推行法制依据不充分、部分内容设置科学程度待优化、配套制度待完善四个方面不足与问题。分析其主要原因是区域功能定位与政府职能的不协调、深化改革与法制缺位的矛盾、经济发展与生态保护的关系衡平和省市与淳安县政府绩效评估在环境与利益上的博弈。最后在“两山”理论视角下提出明确功能定位、健全法律法规、优化考核内容和完善配套制度四个方面优化建议,以期对淳安县生态功能区更好实施和县政府绩效更好发展提供参考。