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克雷伯氏肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)是一种含有大量荚膜多糖(CPS)的革兰氏阴性菌,根据CPS的特征有很多血清分型菌株,主要为K1型和K2型,其中K1型的菌株基本都含有magA基因。而基本所有菌株都含有4个与荚膜多糖的转移和表面装配有关的保守基因orfX(wzi),wza,wzb,wzc。
Red重组质粒系统是一个适用于大肠杆菌K12菌株的高效基因敲除系统,已被证实也能在其他一些菌株中有效地敲除靶基因,但目前关于克雷伯氏肺炎杆菌的基因敲除方案多为利用oriR6K型自杀质粒的传统敲除方法,还没有Red重组系统在克雷伯氏肺炎杆菌中应用的报道。
本论文根据NCBI上已公布的K.pneumoniae NTUH-K2044菌株的cps相关基因(登录号为AB198423.1)magA、wzi、wzc基因信息,设计特异性引物扩增本实验室筛选的K.pneumoniae菌株上的荚膜合成相关基因,发现wzi基因是一个高同源性的保守基因,确定其为基因敲除研究对象。同时改造pKD46与pCP20质粒为含四环素抗性标记的pKD-Tc与pCP20-Te重组质粒,初步建立了一套能在K.pneumoniae菌株中运用的Red重组体系。同时分别构建了利用K.pneumoniae自身重组系统的同源臂500-700bp的打靶片段Δwzi∷FT和利用Red重组系统的同源臂250bp的打靶片段△wzi∷FK,比较两者的重组效果,发现前者没有得到重组子,而后者得到了6个重组子,初步确定敲除了K.pneumoniae菌株的荚膜基因wzi基因。